Признав необходимым производство по делу судебной экспертизы, следователь или суд выносит мотивированное постановление, которое является процессуальным основанием для ее проведения (ст. 184 УПК). Закон не устанавливает структуры постановления о назначении экспертизы. На практике принята структура постановления, состоящая из трех частей: вводной, описательной, резолютивной. Во вводной части указываются место и дата составления постановления, лицо, его составившее (фамилия, должность и место работы), уголовное дело, фамилия обвиняемого (если он установлен), статьи Уголовного кодекса, в соответствии с которыми он привлечен к ответственности.
В описательной части постановления кратко излагаются фабула дела и обстоятельства, в связи с которыми возникла потребность в специальных познаниях, могут быть указаны также некоторые особенности объекта исследования, представляющие интерес для эксперта (например, условия хранения объекта, которые могли вызвать его видоизменение), статья УПК, в соответствии с которой назначена экспертиза.
В резолютивной части постановления указывается род или вид экспертизы, формулируются вопросы, выносимые на разрешение эксперта, назначается эксперт или определяется судебно-экспертное учреждение, сотрудникам которого поручено производство экспертизы, приводится перечень материалов, представляемых в распоряжение эксперта.
Большое значение имеет правильная формулировка вопросов, выносимых на разрешение эксперта. При постановке вопросов необходимо учитывать, что хотя согласно ст. 191 УПК, эксперт вправе указать в заключении на обстоятельства, имеющие значение для дела, по поводу которых не были заданы вопросы, однако он не обязан делать это. Поэтому вопросы должны быть конкретными, четкими и ясными, не допускающими двоякого толкования. Если вопросы взаимосвязаны, они должны задаваться в логической последовательности. В методической литературе по судебной экспертизе имеются примерные перечни вопросов для различных родов и видов судебных экспертиз. Задаваемые вопросы должны относиться к компетенции эксперта. Нельзя ставить на разрешение экспертизы вопросы правового характера, в частности о наличии признаков состава преступления, виновности или невиновности определенного лица и форме его вины. При формулировании вопросов следователь или суд могут консультироваться с экспертом или специалистом.
В резолютивной части постановления приводится также перечень материалов, предоставляемых в распоряжение эксперта. Такими материалами являются объекты экспертного исследования, образцы, необходимые для проведения сравнительных исследований, протоколы следственных действий и другие документы, содержащие сведения, необходимые эксперту для производства исследований и дачи заключения. Представленные на экспертизу вещественные доказательства должны быть внимательно осмотрены, сфотографированы, подробно описаны в протоколе осмотра и приобщены к делу в соответствии с требованиями УПК.
В настоящее время в стране действует широкая сеть судебно-экспертных учреждений Министерства внутренних дел, Министерства юстиции и Министерства здравоохранения:
Судебно-экспертные учреждения Министерства юстиции производят судебные экспертизы по уголовным и гражданским делам. Головным экспертным учреждением этой системы является Российский Федеральный Центр судебной экспертизы.
Периферийными судебно-экспертными учреждениями этой системы являются центральные межобластные и областные научно-исследовательские лаборатории судебных экспертиз.
Экспертно-криминалистические подразделения органов внутренних дел производят экспертизы в рамках уголовного судопроизводства, а также предварительные исследования.
Централизованное руководство экспертными подразделениями осуществляет Экспертно-криминалистический центр (ЭКЦ) МВД России. Кроме того, экспертные подразделения на местах входят в структуру региональных управлений или отделов внутренних дел.
Структуру экспертно-криминалистических подразделений органов внутренних дел на местах составляют Экспертно-криминалистические управления (ЭКУ) республик, краев, областей и крупных городов.
Судебно-экспертные учреждения Министерства здравоохранения состоят из судебно-медицинских и судебно-психиатрических учреждений.
В системе органов здравоохранения Российской Федерации осуществляются также судебно-психиатрические экспертизы. Эти экспертизы могут производиться амбулаторно и стационарно.