Система таможенных органов призвана обеспечить высокий уровень управляемости таможенными органами, соответствовать структуре и характеру внешнеэкономической деятельности и иметь механизмы адаптации к изменяющимся внешним условиям.
Таможенные органы в структурном и функциональным отношении образуют единую, целостную систему. Эта система строится с учетом тех же принципов, на которых основывается таможенное дело в России: единства таможенной политики, единства таможенной территории, единства таможенного законодательства, единство тарифного регулирования, сочетания его с мерами экономической политики.
Общее руководство таможенным делом осуществляют Президент и Правительство Российской Федерации..
Однако система таможенных органов имеет свои особенности, свою целенаправленность, которые придают ей большую самостоятельность. Они проявляются прежде всего в структуре таможенных органов, определяющей специфику отношений координации и субординации между ними и внутреннюю организацию таможенной системы в целом. ФТС России как федеральный орган исполнительной власти осуществляет непосредственное руководство таможенными органами и таможенным делом. Среди его основных задач — организация и совершенствование таможенного дела в стране. Он наделен полномочиями по созданию, реорганизации и ликвидации региональных таможенных управлений и таможен, а также подведомственных предприятий, учреждений и организаций. Такие же полномочия в отношении таможенных постов отнесены к компетенции региональных таможенных управлений.
Таможенными органами являются (в соотв с ФЗ от 27.11.2010 N 311-ФЗ "О таможенном регулировании в Российской Федерации"):
1) федеральный орган исполнительной власти, уполномоченный в области таможенного дела;
2) региональные таможенные управления;
3) таможни;
4) таможенные посты.
