В условиях ослабления государственной машины вспыхнули тлевшие до этого времени межнациональные конфликты. Первым из них стал вылившийся в вооруженное противостояние между Арменией и Азербайджаном спор о принадлежности Нагорного Карабаха (1988). В 1989—1991 гг. произошли кровопролитные стычки в Средней Азии (Фергана, Ошская область, Душанбе и др.). Интенсивные боевые действия с применением артиллерии и авиации велись в Южной Осетии, позднее в Абхазии. Помимо этого во многих частях Советского Союза стали образовываться, часто при поддержке центра, различные объединения граждан, протестовавшие против стремления союзных республик к отделению от СССР. Уже с марта 1990 г. национальные республики одна за другой начали принимать декларации о государственном суверенитете. Стремление обрести независимость привело к бойкоту референдума о сохранении единого Союза СССР (март 1991 г.) в Прибалтике, Молдавии, Грузии. Политика перестройки и гласности, объявленная руководством страны во главе с М. С. Горбачевым, привела с середины 80-х гг. к резкому обострению межнациональных отношений и подлинному взрыву национализма в СССР. В основе этих процессов лежали глубинные причины, уходящие корнями в далекое прошлое. Еще в условиях брежневской парадности и показухи кризисные явления в сфере межнациональных отношений в 60—70-е гг. постепенно набирали силу. Власти не занимались изучением межэтнических и национальных проблем в стране, а отгораживались от действительности идеологическими установками о «сплоченной семье братских народов» и созданной в СССР новой исторической общности — «советском народе» — очередными мифами «развитого социализма».
С середины 80-х гг. в рамках процесса демократизации межнациональные проблемы в СССР, по сути, выдвинулись на передний план. Одним из первых грозных признаков дезинтеграционных процессов и проявлений национал-сепаратизма стали волнения в Средней Азии, вызванные чистками партийного руководства брежневского призыва, обвиненных в мздоимстве и коррупции. Когда на смену Д. А. Кунаеву в Казахстан в качестве лидера республики был прислан В. Г. Колбин, развернувший кампанию по укреплению «социалистической законности» и борьбе с проявлениями национализма в республике, в ряде городов вспыхнули настоящие бунты. Они происходили под национал-исламистскими лозунгами, и основными их участниками были представители молодежи. В декабре 1986 г. в Алма-Ате в течение трех дней происходили крупные волнения, которые удалось «умиротворить» лишь с помощью ввода войск. Впоследствии (1987—1988 гг.) крупные столкновения на национальной почве, сопровождавшиеся многочисленными жертвами, вспыхивали в Фергане (против турок-месхетинцев) и в Ошской области (против обосновавшихся здесь выходцев с Кавказа) .
Поначалу национальные движения в советских республиках действовали в рамках возникших в этот период народных фронтов. Среди них наибольшей активностью и организованностью отличались народные фронты республик Прибалтики (уже 23 августа 1987 г. в связи с 48-й годовщиной «пакта Риббентропа—Молотова» состоялась акция протеста). Уже на следующий год в ходе выборов народных депутатов в республиканские и местные органы власти стабильное большинство в Верховных Советах Литвы, Латвии, Эстонии, Армении, Грузии и Молдавии получили национально-радикальные силы, оппозиционно настроенные по отношению к КПСС и союзному Центру. Наряду с национал-сепаратизмом союзных республик набирало силу национальное движение народов, имевших статус автономий в составе СССР. В связи с тем, что малые народы, имевшие статус автономных республик, или этнические меньшинства, находившиеся в составе союзных республик, в условиях принятия курса на обретение государственного суверенитета республиканскими титульными нациями испытывали давление своеобразного «малодержавия», их национальное движение носило как бы оборонительный характер. Союзное руководство они рассматривали в качестве единственной защиты от экспансии национализма республиканских этнонаций. В основе межэтнических конфликтов, резко обострившихся в условиях перестройки, лежали глубокие исторические корни. Одним из первых переломных моментов в перестроечном процессе весной 1988 г. стал карабахский кризис. Он был вызван решением вновь избранного руководства автономной Нагорно-Карабахской области о выходе из состава Азербайджана и переходе карабахских армян под юрисдикцию Армении. Нарастающий межэтнический конфликт вскоре вылился в длительное вооруженное противостояние между Арменией и Азербайджаном. В это же время волна этнического насилия охватила и другие регионы Советского Союза: ряд республик Средней Азии, Казахстан. Произошел очередной взрыв абхазо-грузинских противоречий, а затем последовали кровавые события в Тбилиси в апреле 1989 г. Помимо этого, активизировалась борьба за возвращение на исторические земли репрессированных в сталинские времена крымских татар, турок-месхетинцев, курдов и немцев Поволжья. Наконец, в связи с приданием статуса государственного языка в Молдавии румынскому (молдавскому) языку и переходом на латинскую графику вспыхнул приднестровский конфликт. Его своеобразным отличием явилось то, что в качестве малого народа выступило население Приднестровья, на две трети состоящее из русских и украинцев .
