Російський централізм має глибокі коріння ще в історії Московії, а ідея всемогутнього монарха як помазаника Божого забезпечила створення механізму легітимності й єдності імперії. Концентрація влади запобігала виникненню будь-яких незалежних центрів. У процесі розширення своїх володінь Московія поширювала своє розуміння влади на ці території, знищуючи там усі місцеві особливості. Поступово вона перетворилася у величезну багатонаціональну, але централізовану імперію.
Процес створення унітарної держави був складний і неоднозначний. На цьому шляху Росія не лише крокувала вперед, але й відступала назад. Збираючи «російські землі» й поширюючи свою владу на віддалені території, Московія зустрілася із значним опором централізмові, що змушувало її іти на поступки місцевим осілим і кочовим народам, а також порубіжним козацьким формуванням. Більше того, посуваючись на захід, Росія набула території й народи, що вже мали добре розвинуті концепції регіональних і корпоративних прав та інституції самоврядування. Цей міцний регіоналізм серйозно загрожував ідеям централізованої та унітарної Російської імперії. Великою мірою в Гетьманщині Росія вперше зіткнулася з таким типом західного регіоналізму та самоврядування.
Боротьба між доцентровими силами, що виступали за єдність в адміністрації, соціальній структурі та способі життя, і відцентровими, які вимагали збереження автономних органів урядування, місцевого укладу і звичаїв, досягла свого апогею за часів правління Катерини II. Нові західні концепції та погляди підштовхнули поступ Росії до централізму й єдності. Під впливом камералістської думки, Просвітництва і концепції добре зорганізованої поліцейської держави Катерина намагалася досягнути більшого контролю над провінціями, раціоналізувати та збільшити прибутки держави, принести своїй імперії прогрес, просвітництво та добробут. Інструментом цього мав бути більш раціональний та активний уряд. Автономні землі, регіональні права та спеціальні соціально-економічні прерогативи вважалися тільки перешкодою на шляху до створення нового, просвітницького ладу. Тому, реорганізуючи Росію, Катерина запровадила нову адміністрацію в усіх куточках імперії, включно з територіями, що мали певні привілеї.
В результаті автономні інституції Гетьманщини були скасовані, а регіон поступово інтегрований в Російську імперію. Процес пройшов дві стадії: первісну і другу, яка принесла дійсне запровадження імперської адміністрації та інституцій. Перша стадія розпочалася 1764 р. з вимушеної відставки Розумовського і формулювання Катериною чіткої політики, спрямованої на поступову інтеграцію всіх автономних земель. Між 1764 і 1782 рр. основні українські інституції залишалися недоторканими, але генерал-губернаторові Рум’янцеву вдалося заплутати їх у тенетах імперської бюрократії і зробити залежними від імперських інституцій. Коли цей процес завершився, Гетьманщина вже була підготовлена для остаточного скасування автономії. Незадоволення, викликане скасуванням гетьманського уряду, вщухло, а ворожнечу між українською новою шляхтою та генерал-губернатором Рум’янцевим замінили співробітництво і навіть дружба. Коли Катерина, стривожена соціально-політичними заворушеннями, приступила до розробки плану реорганізації Росії, доля Гетьманщини була остаточно вирішена. Із запровадженням провінційної реформи в Гетьманщині 1782 р. розпочалася друга, вирішальна стадія інтеграції. Були ліквідовані українські адміністративна, фінансова і судова системи, церква втратила свої багатства і залишки будь-яких місцевих особливостей. Козацькі військові формування розпустили, а на населення розповсюдили імперську військову повинність. Наприкінці правління Катерини Гетьманщиною, за окремими винятками, вже управляла імперська бюрократія згідно з імперськими нормами.
Українська соціальна структура, однак, ще довго не відповідала імперському взірцеві. Якщо міщани невдовзі стали частиною етнічно різнорідного зрусифікованого стану, а клір трансформувався у частково зрусифіковану замкнуту соціальну групу, то інтеграція української шляхти та козаків виявилася набагато складнішою. Крім того, імперська влада проводила стосовно цих двох груп непослідовну політику. Спочатку, у 1783—1785 рр., практично вся українська шляхта була допущена у дворянство. Потім, на зламі століття, Герольдмейстерська контора анулювала тисячі патентів і запровадила суворі обмеження для тих, хто претендував на імперське дворянство на підставі українських рангів. Це стало причиною двадцятип’ятирічної боротьби української шляхти проти Герольдмейстерської контори і сенату. І хоча більшість українських рангів були все ж таки визнані (за винятком двох найнижчих), це тривале, виснажливе змагання сповільнило асиміляцію української шляхти.
Так само, імперська влада вагалася стосовно козаків — групи, що ніяк не підходила під якісь імперські стандарти. З одного боку, існувала досить сильна тенденція звести статус козаків до статусу державних селян; з іншого — за часів військової небезпеки імперська влада формувала з них нерегулярні загони і відтак відроджувала козацький статус. Врешті-решт, у 30-х рр. XIX ст. козаки остаточно отримали статус спеціальних державних селян. Отже, лише тоді українське суспільство наблизилося до імперської соціальної структури.
Перша реакція в Гетьманщині на імперську інтеграцію й асиміляцію була повністю негативною. Щоб протидіяти автономістським вимогам української шляхти, Рум’янцев був змушений вдатися до репресій і арештів. Незважаючи на ці заходи, такі провідники, як захисник шляхетських прав Григорій Полетика та київський митрополит Арсеній Могилянський, закликали не тільки до збереження автономії, але й до відновлення давно втрачених прав. Законодавча комісія 1767—1769 рр. показала, що всі верстви українського суспільства, за винятком пасивного селянства, плекали свої автономні права. Але виявилось, що це суспільство не було єдиним, а його політичну активність повністю контролювали шляхта й вище духовенство. Інші верстви (козаки, міщани, нижчий клір) турбувалися лише про свої станові права і навряд чи усвідомлювали політичну кризу, що загрожувала самому існуванню Гетьманщини.
Хоча всі українські інституції були скасовані тільки через два десятиріччя, реакція українців нагадувала більше смиренну покору. Якби тоді існувала можливість виявити громадську думку, як на Законодавчій комісії 1767 р., більша частина українського суспільства, напевне б, віддала перевагу місцевим інституціям. Однак, навіть не маючи всенародної трибуни, шляхта, головний прибічник української автономії в минулому, могла б висловити своє більше незадоволення, її смиренність пояснювалася добре спланованою політикою Рум’янцева, який залучав українську шляхту до імперської служби. Імперська кооптація української шляхти виявилася настільки успішною, що губернатор А.Милорадович — українець, разом зі своїм, здебільшого українським, оточенням фактично і підготував запровадження в Гетьманщині імперських інституцій. Ще один українець — київський митрополит Самуїл Миславський очолив імперську секуляризацію церковного майна і намагався знищити всі особливості, які й досі відрізняли церкву Гетьманщини від решти імперії.
Частина української шляхти відкрито підтримала асиміляцію, напевно, ще більша частина зрусифікувалася та асимілювалася, навіть не усвідомлюючи того процесу. Деякі українці-асимілятори, які подалися на імперську службу та виїхали з Гетьманщини, порушили питання, яку роль мало- та великоросійські традиції відіграють у формуванні «російської» національної ідентичності. Намагаючись примирити в собі відданість Малоросії та загальноросійську лояльність, вони, певною мірою, підготували грунт для слов’янофільства. Проте співпрацю української еліти з імперським урядом не можна тлумачити як загальне схвалення нею ідеї інтеграції в імперію. Інша частина шляхти виявила прагнення зберегти або навіть поновити традиції Гетьманщини. «Традиціоналісти» не об’єднувалися для спільних дій, а становили групу, різнорідну за складом і цілями її членів. Дехто просто виступав за збереження Литовського статуту й української судочинної системи; інші використовували сприятливі політичні умови і пропонували відновити козацькі військові формування; ще інші — потайки писали та поширювали політичну літературу, спрямовану проти «асиміляторів» та росіян («История Русов»); а найсміливіші навіть планували заколот проти імперського уряду. Опозиційні тенденції підсилилися довготривалою боротьбою за визнання українських рангів як таких, що надають автоматичне членство в імперському дворянстві. Отож, хоча більшість української шляхти асимілювалася і, принаймні частково, зрусифікувалася, цей процес не проходив так гладко, як досі вважалося, і впродовж першої половини XIX ст. стикався з осередками опору.
Єдиним протестом проти імперської асиміляції, що прозвучав не з боку шляхти, була виразно антиросійська поема «Плач киевлян о потере магдебургского права». Київ з його сильними традиціями самоврядування й політично активним станом міщан був винятком. Здебільшого міщани, козаки, нижче духовенство та селяни були політично пасивним елементом українського суспільства. Якщо вони і були незадоволеними, то через брак необхідної трибуни і через свою нерішучість вони не могли цього висловити.
Катерині та її наступникам вдалося в цілому успішно інтегрувати Гетьманщину в склад Російської імперії. Не лише інституції Гетьманщини були замінені імперськими, асимільована і зрусифікована була частина українського суспільства, яке різко поляризувалося, місто з його етнічно перемішаним населенням і численними чиновниками стало русифікованим, тоді як село, де проживали козаки, селяни і шляхтичі, залишалося здебільшого українським. Пізніше навіть провінційна шляхта піддалася русифікації, а козаки перетворилися на селянство. Слово «українець» стало фактичним синонімом слова «селянин».
Крім зведення українців до рівня переважно селянської нації, інтеграція Гетьманщини в імперію означала, що Україна вже вважалася не порубіжною землею, а глибоким тилом Росії. З експансією останньої далі на захід посувалася і боротьба між російським централізмом і регіональною автономією — до Польщі, земель Балтії й Фінляндії. Наступники Катерини вже не мали її цілеспрямованості, а їхня політика щодо автономних земель визначалася новими політичними обставинами, придворними фаворитами і навіть особистими примхами. Павло поновив багато прерогатив балтійських земель і навіть судочинну систему Гетьманщини. Пізніше, однак, інституції Гетьманщини, як ті, що залишилися, так і відновлені, було скасовано не тільки через те, що вони репрезентували останні залишки автономної України, а, скоріше, з метою позбутися відчутних польських впливів. Повне поглинення Гетьманщини в імперію підсилило ту ідею, згідно з якою українці та росіяни були одним народом, розділеним через «підступні» польські інституції та норми. У цьому відношенні концепція Росії як унітарної держави значно зміцнилася, навіть за умови, що їй знову загрожувало існування автономних інституцій на новоздобутих Росією землях. Крім того, погляд, що Україна була інтегральною частиною Російської унітарної держави, зробив будь-які форми українського партикуляризму, навіть аполітичного і нешкідливого, тотожними підступництву, якщо не зраді.
Розчинення Гетьманщини в імперії мало ще й інші важливі наслідки для дальшого розвитку українців. У традиційному суспільстві, де політичне лідерство було прерогативою тільки вищих класів, асиміляція корінної еліти в іншій культурі означала також втрату національного політичного проводу. В українців процес «національного будівництва» значно відрізнявся від тих націй, що, хоча й не мали державності, змогли зберегти свої традиційні еліти. На відміну від поляків, національний рух яких на початкових стадіях міг опиратися на історичну легітимність шляхти і з часом охопив етнічних поляків різних верств, українці передусім мусили розвинути новий, спроможний до лідерства шар — інтелігенцію, що очолила національний рух, який базувався не стільки на історичній легітимності, скільки на етнолінгвістичних підставах.
Хоча асиміляція значної частини української шляхти в російському імперському суспільстві позбавила українців лідерства їх традиційної еліти на початкових стадіях «національного будівництва», козацько-шляхетська спадщина все ж таки мала важливий вплив на розвиток модерної української національної свідомості. Завдяки своєму інтересові до сивої давнини і ностальгії за минулим, українська козацька шляхта зберегла спадщину Гетьманщини аж до 30—40-х рр. XIX ст. Водночас під впливом Гердера і романтизму нова генерація відкрила для себе український народ з його живою мовою. Молоді студенти ототожнювали себе з назвою «українець», а не «малоросіянин», і схилялися до культурницької роботи, а не до політичної боротьби.
Якийсь час переповнені ностальгічними почуттями нащадки «малоросійської шляхти» й далекі від політичної боротьби ентузіасти української народної мови та звичаїв мали можливість проводити свою діяльність окремо одні від одних, але пізніше і вони вступили у конфлікт. Певною мірою це був конфлікт генерацій (батьки проти синів) і соціальних груп (шляхта проти шляхти-інтелігенції) за мову (російська проти української) й орієнтацію (відновлення окремих інституцій Гетьманщини, проти далекої від політики української культурницької праці). Ця боротьба допомогла висікти іскру сучасної української національної ідеї, бо інтелігенція 40-х рр. XIX ст. поєднувала в собі українську культурницьку діяльність із політичним світоглядом й історичною свідомістю, що були частиною спадщини Гетьманщини. Українські поети й письменники, перейнявши громадську і патріотично-політичну творчість козацької шляхти, надихнули її новими романтичними й національними ідеалами. Козацькі хроніки та історичні писання нової шляхти сформували основу для розвитку національної історії та національного міфу. З нового середовища українського руху дуже скоро прозвучали заклики до, принаймні, культурної автономії. Ні Катерина, ні її нащадки не могли передбачити, що унітарна, добре регульована держава, яку так невтомно вони будували, невдовзі зіткнеться з тим, що Марк Раєв назвав «революцією національної свідомості». Таким чином, саме тоді, коли Гетьманщина була повністю поглинута Росією, з’явилися нові сили, що в інших умовах відродили боротьбу між російським централізмом й українською автономією.
