За формою правління це була демократична республіка, яка найбільше відповідала національному характеру українців. Тут діяв самобутній державний устрій, що виключав узурпацію влади козацькою старшиною, передбачаючи щорічні звіти та перевибори всіх посадових осіб.
На Запоріжжі формувалася і своєрідна судова система. Судові функції тут виконували усі представники козацької старшини. Кількість судових інстанцій у Запорозькій Січі не була чітко визначеною та законодавчо унормованою. Чинними на Запорожжі дослідники вважають такі судові установи:
— паланковий суд або суд паланкового полковника. Вважався судом першої інстанції. Його компетенція поширювалася на територію паланки, яку очолював паланковий полковник, він же — голова суду. Розглядалися справи про злочини, за які передбачалися незначні покарання. На плечі паланкового суду лягала основна маса цивільних справ. Вони розглядалися колегіально у складі паланкового полковника, осавула, писаря, обираних на три роки;
— курінний суд, або суд курінного отамана — суд другої інстанції. Розглядав апеляційні справи з паланкового суду. Його очолював курінний отаман, компетенція якого, як першої інстанції, поширювалася лише на козаків одного куреня. У разі належності позивача і відповідача до різних куренів справу розглядав суд отаманів обох куренів;
— суд військового (генерального) судді. Був у Запорозькій Січі судом першої інстанції з тяжких кримінальних справ. Вирок міг бути оскаржений до найвищої судової установи — кошового отамана, а в тому разі, коли військовий суддя виконував обов'язки наказного кошового отамана (за відсутності останнього) і від його імені виносив вироки, вони могли бути оскаржені лише до козацької ради;
— суд кошового отамана. Здійснював юрисдикцію на всій території Запорожжя. Його вироки були остаточними, оскарженню не підлягали. Мав право помилування та перегляду вироку в бік його пом'якшення;
— суд козацької ради — своєрідний верховний суд Запорозької Січі. Збирався кошовим чи наказним отаманом для вирішення найрезонансніших справ. Вирок виносився голосуванням чи підкиданням шапок усього козацького загалу, у тому числі й паланкових козаків.
Судова система на Запорожжі не розрізняла кримінального процесу від цивільного. Проте кількість кримінальних справ, розглянутих січовими судами, значно перевищувала кількість справ цивільних.
