Со второй половины XVI века происходил процесс национального и экономического объединения Руси вокруг Москвы. В конце XV века создалось феодальное Московское государство. Для XVI века характерно развитие и разделение медицинских профессий (лекари, дохтура, зелейни-ки, травники, рудометы-кровопуски, зубоволоки, очные мастера, костоправы, камнесеченцы, повивальные бабки). Основой.их знаний являлись практика, передаваемая веками, рукописные произведения — вертограды, травники, лечебники и другие рукописи. Зелейники лечили болезни травами, кореньями и другими снадобьями. Лекари имели лавки в торговых рядах, где продавали собираемые травы, семена, цветы, корни, корневища и другие лекарственные средства. Зелейники и лекари были культурными людьми того времени, изучали действие и качество лекарств.
В разных городах Московского государства были учреждения аптечного типа. В писцовых книгах (перепись домовладений в городах в целях установления оброка) XVI века значится в Пскове в 1585—1588 гг. три зелейника. Зелейные ряды и лавки указаны в Москве, Серпухове, Коломне и других городах.
Монгольское нашествие задержало развитие медицины и фармации. Частые эпидемии в XIV веке заставляют народ бороться с ними при помощи различных противоэпидемических мероприятий (отделение больных от здоровых, оцепление очагов заразы, заставы, костры, создание богаделен и больниц при монастырях и т. д.).
Конец XVI века ознаменован созданием государственной организации здравоохранения — Аптекарской палаты, переименованной в XVII веке в Аптекарский приказ. Аптекарский приказ был обязан наблюдать за аптеками, врачами, за призрением больных, охранять от эпидемий государство, организовывать лекарственное снабжение, следить за медицинской и аптечной службой царского двора. В 1581 г. была открыта первая государственная аптека для обслуживания царской семьи. В 1654 г. при Аптекарском приказе была организована специальная лекарская школа для изучения лекарского, аптекарского, костоправ-ного, алхимистского и других дел. Аптекарский приказ имел медицинскую библиотеку, переводчика, в обязанность которого входило переводить такие книги, которыми могли пользоваться лекари и аптекари.
В XVI—XVII веках в Московской Руси широко распространились рукописные книги медицинского содержания (травники, лечебники, «вертограды», «аптеки»), которые носили характер самобытного творчества, а не были только лишь переводом работ Гиппократа, Галена и др. Русские переводчики приводили местные названия лекарственных растений, указывали их распространение в стране, добавляли главы, посвященные растениям, встречающимся на Руси.
Русская медицина XVII века проявляла большой интерес к лекарственным растениям своей страны. Русское аптечное дело не зависело от иноземного рынка. Зеленные лавки являлись местом продажи готовых лекарств, а также изготовления лекарств. Аптекарский приказ следил за их работой и собирал оброк, как с торговых лавок. В середине XVII века в Москве создается первая гражданская больница, вторая и третья государственные аптеки, а в 1682 г. был издан указ о строительстве в Москве двух богаделен для призрения убогих. Для лечения больных в богадельне предусматривалось иметь доктора, аптекаря, лекарей (3—4) с учениками и небольшую аптеку.