Пахучие вещества воздействуют на специфические рецепторные клетки, находящиеся в слизистой оболочке верхнего и отчасти среднего носовых ходов. Молекулы пахучих веществ попадают в обонятельную область при вдыхании.
Сигналы от рецепторных клеток поступают по нервным волокнам в головной мозг, его часть, которую относят к так называемому обонятельному мозгу, входящему в состав лимбической системы. Лимбическая система участвует в формировании таких общих состояний, как бодрствование, сон, эмоции, мотивация поведения и др.
Воздействие на организм с помощью запахов позволяет влиять на глубокие эмоции, вызывая как умиротворение, эйфорию, так и отвращение (на этом основано применение ароматерапии в медицине для лечения алкогольной и наркотической зависимости). Широко применяется в неврологии для лечения невротических состояний, депрессии, бессонницы, снятия последствий стресса и др.
Лечение с помощью эфирных масел применяется и для улучшения сексуального функционирования в сексологии и урологии, поскольку запах является одним из главных возбудителей полового рефлекса.
Сочетание определенных запахов способствует улучшению функционирования иммунной системы, повышению сопротивляемости организма к воздействию инфекционных агентов, на чем основано применение ароматерапии в медицине для лечения инфекционных заболеваний.
Кроме того, в ходе проведения ароматерапии на организм оказывается общеукрепляющее, тонизирующее действие, улучшается регуляция его деятельности, нормализуется гормональный статус.