Преобразования, осуществленные Петром 1, коснулись также медицины и фармации. В 1701 г. им были изданы указы о закрытии зелейных лавок и открытии в Москве 8 частных аптек. К этому времени многие зелейные лавки наряду с лекарствами стали продавать всякие "непотребные зелья и иное нелекарственное питье". С целью ликвидации такой торговли Петр 1 запретил зелейные лавки. Одновременно с изданием указа об открытии частных аптек вводилась государственная аптечная монополия, которая устраняла конкуренцию между открываемыми аптеками. По указу Петра 1 разрешалось открывать только одну аптеку в каждом городском районе, что обеспечивало равномерное развитие сети аптек. Первые две вольные (частные) аптеки в Москве были открыты в конце 1701 г. В последующие 11 лет в Москве было открыто еще 6 аптек. В эти же годы аптеки появились и в некоторых других городах. В Петербурге первая гарнизонная главная аптека была создана в 1704 г., в Киеве – в 1715 г.
Таким образом, в 18 веке наряду с частными (вольными) аптеками продолжали существовать (и сеть их расширялась) аптеки, принадлежащие государству. Казенные аптеки подразделялись на главные, полевые и госпитальные. Находившиеся в Москве и Петербурге главные казенные аптеки снабжали лекарствами полевые и госпитальные аптеки, а также гражданское население.
При Петре 1 в России были изданы первые рукописные фармакопеи. В 1708 г. Даниил Гурчин по заданию Петра 1 составил пособия "Аптека домовая" (для гражданских аптек) и "Аптека обозовая" (для медицинской службы русской армии), которые по своему характеру были прообразами фармакопей. Вместе с Афанасием Холмогорским Гурчин составил рукописную "Фармакопею". В "Фармакопее" Гурчина и Холмогорского приведено подробное описание различных сиропов, пилюль, порошков, масел из трав, мазей, эссенции и т. д., указаны и готовые лекарственные средства.
В 1719 г. в Петербурге был открыт Аптекарский сад. Проводились государственные мероприятия по изысканию отечественных лекарственных средств. В 1720 – 1721 гг. в Петербурге был создан первый в России завод "казенных врачебных заготовлений" - государственное производство по изготовлению лекарственных средств из отечественного сырья. В период царствования Петра 1 была проведена реорганизация Аптекарского приказа. Он был преобразован вначале в Аптекарскую канцелярию, а затем в Медицинскую коллегию и Медицинскую канцелярию.
В 1706 г. при Главном московском госпитале была учреждена школа для подготовки отечественных лекарей и аптекарей для нужд русской армии. Преобразования, проведенные Петром 1, способствовали развитию фармации в последующие десятилетия 18 и первую половину 19 века.
