Цветки (отдельные цветки или целые соцветия) собирают обычно в начале или во время полного цветения. Обрывают цветки руками (ромашка пахучая, календула), срезают ножницами, веткорезами, серпами, секаторами (боярышник, липа) или счёсывают специальным совком (ромашка аптечная); на плантациях используют специальные уборочные машины. Для некоторых видов сырья регламентируется длина цветоноса (для бессмертника песчаного - до 1 см, ромашки аптечной - до 3 см). Сразу после сбора удаляют посторонние части растения, поражённые или отцветающие цветки, бутоны (первичная обработка).
Плоды и семена собирают обычно технически зрелыми (сочные плоды - не дряблыми, мягкими и т.п.), сухие – при созревании 60-70 % плодов (зонтичные, клещевина, лён, горчица). При заготовке сухих плодов и семян обычно скашивают надземную часть растения, сушат и обмолачивают (тмин, фенхель, лён). Сочные плоды собирают вручную, без плодоножек, по возможности не нарушая целостности оболочки плодов, так как давленые плоды легко плесневеют. Иногда плоды осторожно счесывают специальными совками, но их использование наносит заметный ущерб зарослям, а сырьё при этом требует более тщательной первичной обработки. Недопустима срезка или обламывание ветвей с плодами облепихи, боярышника, шиповника и др. При первичной обработке сочных плодов удаляют плоды мятые, перезрелые, недозрелые, поражённые вредителями, из сухих плодов удаляют плоды раздробленные, кроме того, другие части растения, органическую и минеральную примеси.
Подземные органы (корни, корневища, клубни, луковицы) заготавливают обычно осенью, реже весной до начала вегетации. Имеются некоторые особенности в сроках заготовки отдельных видов сырья. Так, например, подземные органы растений семейства астровых собирают только осенью; корневища лапчатки в фазу цветения; корневища и корни родиолы розовой в фазу цветения и плодоношения; корневища бадана в июне - июле; корни женьшеня на 5-6-м году жизни. При этом надземную часть растений срезают или срубают. Подземные органы растений выкапывают лопатами, вилами, копалками, на плантациях — плугами, картофелекопалками. Ползучие корневища заманихи, бадана, аира, кубышки, корни аралии иногда вырывают руками или крючковидными захватами, баграми. После сбора отделяют остатки стеблей, прикорневых листьев, отмершие гнилые участки корней и корневищ, отряхивают землю. При этом корни обычно промывают, погружая их в проточную холодную воду реки, ручья и др., сложив рыхло в плетёную корзину. Сырьё, содержащее слизи, сапонины, промывают быстро из-за высокой растворимости действующих веществ. У некоторых видов сырья удаляют пробку (солодка, аир, алтей). Очень крупные подземные органы режут на куски (первичная обработка).
После сбора подземных органов для возобновления заросли в образовавшуюся лунку рекомендуется отряхнуть семена с выкопанных растений или положить кусочки корневища. Поднятую дерновину следует уложить на прежнее место и утрамбовать участок, а при возможности полить. Для сохранения зарослей не следует выкапывать более одной трети растений.
Лучшей тарой для переноса сырья к месту сушки являются плетёные корзины, деревянные ящики, тканевые мешки. Сырьё в таре должно лежать рыхло. Листья, траву, цветки нельзя помещать в полиэтиленовые мешки, рюкзаки, так как в них сырьё быстро самосогревается, что ведет к разрушению действующих веществ. Собранное сырьё нужно быстро (через 2-3 ч) доставить к месту сушки или разложить в тени на ткани, брезенте.
Сочные плоды собирают в мелкие и широкие корзины, иногда в вёдра. При наполнении тары такие плоды складывают слоями, разделяя травяными или листовыми прокладками.
