Хордовые имеют сходство с другими вторичноротыми животными.У них сходным образом образуется гаструла, мезодерма,вторичный рот.В эмбриональном развитии имеется трехсегментный зародыш,который имеет сходство с личинкой иглокожих и полухордовыми,которые во взрослом состоянии трехсегментные, поэтому считают что все вторичноротые берут происхождение от трехсегментных целомических животных ныне не существующих.Среди них выделяют одно направление приведшее к хордовым.Низшие хордовые только морские животные включают два подтипа бесчерепные и оболочники.Не меющие твердого скелета оболочники и бесчерепные не сохранились в ископаемых остатках.Однако сравнительно-анатомические и эмбриологические исследования,среди котрых особо надо отметить работы Ковалевского и Северцева,позволяют с достоверностью предполагать,что предки хордовых были ограниченно подвижными,ползающими придонными,двухсторонне-симметричными животными с хордой по всей длине тела,нерасчленненой на отделы нервной трубкой и сегментированной мускулатурой.У предков хордовых появились жаберные щели первичновыполняющие функцию фильтрации воды,а затем они приобрели дыхательную функцию.А.Нсеверцев называл их Acrania primitivo.Они первично бесчерепные животные.Они имели хорду,жаберные щели в стенках глотки, цетральная нервная система была в форме нервной трубки.Пассивно питались путем биофильтрации,но вели подвижный образ жизни.В дальнейшем прослеживается 3 направления равития хордовых.
1 группа животных сели на грунт ,сохранили пассивное питание-таким образом произошло развитие бесчерепных.
2 группа сели на грунт,сохранили пассивное питание утратили хорду,нервную трубку,но приобрели тунику,так приоизошло развитие личиночно-хордовых.
3 группа животные приобрели активный способ передвижения и активный способ питания, так произошло развитие позвоночных.
Включение оболочников в тип Хордовые обосновано в конце прошлого века преимущественно работами А.О.Ковалевского.В-первые асцидии были открыты Ковалевским,он доказал принадлежность осцидий к позвоночным.