Первые попытки классификации основывались на тканевом тропизме, патологии и симптоматологии; 1950 г, 5 международный конгресс микробиологов в Рио де Жанейро, подкомитет по номенклатуре вирусов предлагал классифицировать на основании фундаментальных свойств вирусных частиц(тип нуклеиновой кислоты, количество нитей в ДНК и РНК, тип симметрии, диаметр в нанометрах, способность агглютинировать эритроциты, количество капсомеров в вирионах). В настоящее время используют классификацию и номенклатуру вирусов по материалам 7 доклада Международного комитета по таксономии вирусов 2000 г.
Таксономия. Вирусы выделены в царство или тип Vira. Далее отряд, класс, семейство, род, вид.
Номенклатура. Является международной и универсальной. Научное название состоит из 2 латинских слов род и вид. Название рода, которое пишется с прописной буквы и стоит на первом месте название вида со строчной, после рода. Названия семейств имеют окончание viridae, подсемейств-virinae, родов-virus. Вирус оспы человека: семейство Poxviridae, подсемейство Сhordopoxvirinae, род Orthopoxvirus, вид Viriolamajor.