Появление университетского музея в современном понимании относится к концу XVI века, когда экспонаты коллекций были включены в процесс обучения и исследования.
Первое сведение об учреждении университетского музея относится к 1685 году, когда в оксфордском Музее Ашмолеан (Эшмолеан) открылась постоянная экспозиция для публики. Музей Ашмолеан был первой удачной моделью музея-лаборатории, получившей распространение практически в каждом университете
Все исторически сложившиеся коллекции университетских музеев можно условно разделить на следующие виды. Прежде всего, это обучающие коллекции. Они создавались, как правило, с целью облегчить процесс познания. В них могут входить не только оригинальные образцы, но и различные модели-имитации тех предметов, которые в натуре либо слишком велики или малы (астрономия, физика), либо недоступны (археология, палеонтология), а также гипсовые реплики и макеты. Вслед за обучающими шло формирование исследовательских коллекций. Их появление относится к XVI веку, но пик их расцвета и значимости для культуры приходится на период с середины XVIII до середины XX века, когда началось бурное развитие науки и техники, были сделаны фундаментальные открытия в различных областях знания, обнародованы результаты исторических экспедиций и открытий
