Інституційна система - найважливіша складова частина механізму ЄС. Згідно з установчими договорами Європейського Союзу для виконання, покладеної на нього місії повинен володіти необхідними інститутами і ресурсами. Інституційна система органічно вписується в механізм формування і функціонування ЄС.
Під інституційною системою stricto sensu розуміють сукупність керівних органів ЄС, наділених особливим статусом і повноваженнями. Усі основні параметри цієї системи описані і закріплені в установчих актах. Одна з важливих правових характеристик інституту полягає в його виключному праві приймати юридично обов'язкові рішення. Інституційна система в широкому сенсі охоплює також і інші органи. Певні адміністративні, контрольні, допоміжні, консультативні та інші функції здійснюють спеціально створені для цих цілей органи та організації. Статус найбільш важливих з них закріплений в установчих актах.Характеризуючи загальні риси інституційної системи, слід зазначити, що вона створювалася фактично «з нуля».І ця обставина дозволяла шукати і знаходити нові форми і методи урядування. З успіхом були застосовані багато новел у царині технології управління, які були запозичені як із внутрішньої практики держав-членів Співтовариств, так і з усієї світової практики. Початкова модель такої системи була запроваджена у Договорі про створення Європейського співтовариства вугілля та сталі 1951 року. Саме тоді були утворені спеціальна Рада міністрів, Вищий керівний орган (англ. High Authority), Загальна Асамблея, Суд. Крім цих органів для досягнення цілей ЄСВС утворювалися і інші органи, які переважно мали допоміжний характер.
Така модель у короткий термін себе виправдала і стала базовою при створені двох інших співтовариств – Європейського економічного співтовариства та Євратому, утворених у 1957 році на підставі Римських угод. Навіть у договорі про ЄЕС, який, як вважається, став основою «конституції» Співтовариств, у модель урядування не були внесені будь-які принципові зміни, новели. Аналогічним чином було вирішене питання щодо моделі органів Євратому. Установчі договори передбачали, що в ЄЕС і Євратомі інституційну основу утворюють Рада, Комісія, Асамблея, Суд. З самого початку передбачалося, що кожне із трьох Співтовариств буде мати свою власну систему інститутів. Однак, перші ж роки показали недоцільність паралельного існування трьох окремих систем керівних органів. Частково ця проблема була вирішена ще під час укладення Римських договорів 1957року. Прийнята разом із ними додаткова угода – Конвенція про деякі спільні інститути - передбачила злиття двох інститутів Співтовариств і створення спільних Суду та спільної Асамблеї.
Коли у 1958 році ЄЕС та Євратом приступили до своєї роботи, їх представницький та судовий органи почали функціонувати як органи усіх трьох Співтовариств. При цьому два основних політичних інститути у всіх Співтовариств залишалися різними: продовжував самостійну роботу Вищий керівний орган ЄСВС, паралельно з ним функціонувала Комісія ЄЕС і Комісія Євратому; аналогічно здійснювали діяльність три різних Ради. Ця практика, як відомо завершилася 8 квітня 1965 року, коли у Брюсселі був підписаний , а 1 червня 1967 року вступив у силу Договір про встановлення єдиної Комісії і єдиної Ради, відомий під неофіційною назвою Договір про злиття. Таким чином інститути, які з самого початку створювалися окремо для кожного із Співтовариств з 1967 року є спільним для усіх трьох організацій.
Асамблея, яка утворилася на кшталт парламенту для ЄЕС та Євратому сама назвала себе Європейським парламентом, після чого вже в Єдиному Європейському Акті 1986 року нова назва отримала офіційне підтвердження (Ст.6 Акту встановила, що у тексті Договору про ЄЕС назва інституту «Асамблея» замінюється на «Європейський парламент»).
Пізніше Маастрихтський договір про створення Європейського Союзу 1992 року, крім згаданих вже чотирьох інститутів, закріпив статус також п’ятого інституту - Палати аудиторів або Рахункової палати, на яку покладався фінансовий контроль (фактично створення цього органу передбачалося ще у Єдиному Європейському Акті). А Лісабонський договір до переліку інститутів додав ще два органи - Європейський центральний банк і Європейську Раду (раніше – просто органи).
Лісабонський договір, так само як всі установчі акти у попередній редакції, дає повний перелік інститутів, розташовуючи їх у суворо визначеному порядку. Це Європейський парламент, Європейська рада, Рада ЄС, Європейська комісія, Суд ЄС, Європейський центральний банк, Рахункова палата.
Створення у 1992 році на базі Європейських співтовариств Європейського Союзу вимагало розповсюдити повноваження інститутів Співтовариств на сфери суспільного життя, що знаходяться за рамками першої, коммунітарної опори (яка, як відомо, представлена вона була Співтовариствами), тобто на сферу зовнішньої політики і політики безпеки (ЗППБ) та співробітництва поліції та судових органів в кримінально-правовій сфері (СПСО).Юридично це виявилося у визнанні інститутів Європейських співтовариств в якості керівних органів Європейського Союзу. Саме в цьому полягає сутність одного із основних принципів інституційної системи або інституційного механізму Союзу – принципу єдності.
До Лісабонського договору принцип єдності інституційної системи ЄС був закріплений у ст.3 Договору про Європейський Союз (стара редакція): «Союз обслуговується єдиною інституційною структурою, яка забезпечує узгодженість і наступництво діяльності, що здійснюється з метою досягнення його цілей, одночасно поважаючи та розбудовуючи acquis communautaire». Таким чином, кожен інститут Європейського співтовариства був одночасно інститутом Євратому ( до 2002 року і інститутом ЄСВС), а також інститутом Європейського Союзу в цілому. Відповідно під час прийняття рішень інститути діяли в одному випадку як керівні органи Співтовариств, і керувалися їх установчими договорами, в іншому випадку – діють на підставі положень спеціальних розділів Договору про Європейський Союз, які були присвячені ІІ-й або ІІІ-й опорам, тобто ЗППБ або СПСО.
Правила діяльності інститутів у рамках різних опор Союзу, або навіть у межах однієї І-ї опори, могли суттєво відрізнятися, але у всіх випадках від імені Європейського Союзу виступали одні й ті самі керівні органи. Таким чином, передбачені установчими договорами інститути, що мали однакову назву, розрізнялися за своїми статусом та роллю в системі в залежності від того, чи були вони інститутами Співтовариств чи інститутами Союзу. Проблема можливих колізій вирішувалася переважно на політичному рівні. Це знаходило свій прояв у тому, що основні орієнтири діяльності усіх інститутів визначалися Європейською радою (нині вона виконує ті ж практично функції в якості інституту ЄС).І хоча акти цього органу не були юридично обов’язковими, на практиці вони ставали тим основним політичним стрижнем, який дозволяв об’єднати і спрямувати у єдине русло діяльність інститутів Співтовариств і Союзу.З моменту підписання Маастрихтської угоди система інститутів зовні не зазнала кардинальних змін. Однак, у функціях інститутів та інших органів з’явилося чимало нового, що прямо витікало із самого факту створення Європейського Союзу. Слід зазначити, що Амстердамська (1997 року) та Ніццька (2000 року) угоди, що внесли зміни до установчих договорів Європейських співтовариств та Європейського Союзу, які в тому числі стосувалися статусу і порядку функціонування інститутів ЄС, також підтвердили існування та розвиток принципу єдності інституційної системи Союзу.
Принцип єдності інституційної системи або інституційного механізму передусім стосується семи керівних органів ЄС. Хоча принцип єдності у його первинному розумінні і не закріплений у установчих договорах у Лісабонській редакції, оскільки такої потреби на сьогоднішній день не має, тим не менше у трансформованому вигляді він прочитується у Договорі про ЄС та Договорі про функціонування ЄС. Передусім це випливає із змісту ст. 13 ДЄС, в якій мова йде про мету функціонування інституційної системи. Ця мета є єдиною для усіх інституцій ЄС – «поширювати цінності Союзу, реалізовувати цілі Союзу, служити інтересам Союзу, його громадян та держав-членів та гарантувати узгодженість, ефективність та послідовність політик та дій Союзу».
