Як і Рада, а одно інші інститути Співтовариства, Парламент несе колективну юридичну відповідальність за прийняті ним рішення перед Судам ЄС у формі скасування його актів, а також покладання на Парламент обовязку вчинити певні дії, якщо такий обовязок випливає з Договору про ЄС (за позовами з - бездіяльності). Індивідуальна юридична відповідальність депутатів обставлена низкою обмежень, які в цілому відповідають загальноприйнятим парламентським традиціям: по-перше, недоторканність (імунітет) парламентаріїв (ст. 9 протоколу Про привілеї та імунітети Європейських співтовариств.) Депутат не підлягає кримінальному чи іншому судовому переслідуванню, а одно затриманню, крім випадків затримання на місці злочину. В інших випадках для арешту, порушення проти депутата кримінальної справи і т.п. потрібна згода самого Парламенту. Імунітет парламентаріїв, таким чином, не є абсолютним, але його позбавлення залежить від хвиль Європарламенту в цілому (прецеденти позбавлення європейських парламентаріїв імунітету мали місце); по-друге, невідповідальність за парламентську діяльність (індемнітет). Згідно ст. 9 протоколу Про привілеї та імунітети, члени Європейського парламенту не можуть обшукані, затримуватися або переслідуватися за їх думки і голосування при здійсненні своїх функцій. Невідповідальність депутатів за політичну діяльність в стінах Європарламенту є абсолютною.
Депутат Європарламенту не може бути підданий з боку держав-членів ніяким кримінальним або адміністративним санкціям за погляди, які він висловлював і захищав у стінах Парламенту. Однак це обмеження не стосується відповідальності депутата перед самим Європарламентом за вчинені ним дисциплінарні проступки.
Дисциплінарна відповідальність парламентаріїв передбачена ВР Європарламенту (ст. 124 Санкції) і накладається його Головою. Формами відповідальності парламентаріїв виступають осуд, втрата права на платню за період від двох до 10 днів, тимчасове призупинення на такий же термін права брати участь у діяльності Європарламенту, внесення реченні про припинення або позбавлення посад, займаних депутатом в Парламенті (наприклад, посади голови парламентської комісії або квестора). На відміну від юридичної, політична відповідальність Парламенту або його членів формально відсутня. Виборці не можуть вимагати відкликання впоралися депутатів або розпуску Європарламенту та цілому. Вплив громадян Європейського Союзу на депутатський корпус здійснюється в ході чергових парламентських виборів, на яких вони можуть відмовити в підтримці партіям і окремим парламентаріям, що не виправдав їхньої довіри.
