Географическое положение страны, лежащей между сибирской тайгой и степями Монголии, лиственничной тайгой Якутии и лесами Дальнего Востока, определяет богатство и разнообразие ее фауны, в составе которой встречаются животные сибирской тайги, северной тундры, сухих степей Монголии и Казахстана. В южносибирском высокогорье степной сурок нередко живет рядом с северным оленем, а соболь охотится и на глухаря, и на тундряную куропатку, и на мелких степных грызунов. В составе горной фауны насчитывается более 400 различных видов птиц и около 90 видов млекопитающих.
Важную роль в формировании фауны горных областей Сибири сыграли также особенности развития этих областей в четвертичное время. В течение ледникового периода вымерли многие из обитавших ранее в Южной Сибири млекопитающих (мамонт, шерстистый носорог и др.), а некоторые животные, заселявшие северные районы Сибири (северный олень, тундряная куропатка и др.), вынуждены были переселиться из занятых ледником районов на юг, в не покрывавшиеся льдом участки горных областей. Многие из них прекрасно приспособились к условиям высокогорья и сохранились здесь до настоящего времени.
Распределение животных в горах Южной Сибири тесно связано с высотными поясами растительности. Фауна предгорий Южного и Западного Алтая и котловин Саян мало отличается от фауны примыкающих к горам степных равнин. Здесь также повсюду встречаются различные мелкие грызуны— суслики, хомячки, полевки. В зарослях сухих степных кустарников устраивают свои норы лисицы и волки, прячутся зайцы и барсуки, а в небе парят пернатые хищники — степной орел, кобчик, пустельга.
Иной характер имеет животный мир степных котловин Восточного Алтая, Тувы и особенно Южного Забайкалья, где обитают многие млекопитающие и птицы, проникшие сюда из степей Монголии: заяц толай, тушканчик-прыгун , забайкальский сурок , даурский суслик , монгольская полевка и др. Нередко встречается антилопа дзерен , а в густых приречных зарослях прячутся кабаны. Наряду с хищными животными сибирских степей — хорьком, горностаем, волком, лисицей — в горных степях можно увидеть кота манула , солонгоя , красного волка, а также красную утку, горного гуся, журавля-красавку, монгольского жаворонка, каменного воробья, монгольского вьюрка. Особенно богат животный мир горно-таежного пояса, где условия жизни значительно разнообразнее, чем в равнинной тайге. В горной тайге нередко встречаются грациозный олень марал , кабарга, лось , горный козел. Многочисленны и мелкие грызуны: бурундуки, землеройки, полевки, белки, а на каменистых россыпях — пищухи-сеноставки. Обилие грызунов и копытных животных привлекает сюда хищников. В густых зарослях темнохвойной тайги водятся медведи, рысь, росомаха, соболь, ласка, горностай, хорек.
Разнообразен и мир пернатых. Из крупных таежных птиц здесь живут глухари и тетерева, встречаются также рябчик, дятел, дрозд, кедровка, сибирская завирушка и многие другие.
Фауна высокогорья значительно беднее. Летом на альпийских лугах, которые являются прекрасными пастбищами для копытных животных, встречаются косуля , горный козел, баран архар, кабарга, марал, а в горной тундре пасутся стада диких северных оленей. Из грызунов наиболее характерны сурки и пищухи, а из птиц — куропатки, алтайский улар), альпийская и красноклювая галка, или клушица . Однако уже в сентябре, когда горы покрываются снегом, большинство животных уходит отсюда вниз, в леса горно-таежного пояса.
Многие животные горных областей имеют важное промысловое значение, например пушные звери: белка, колонок, горностай, лисица, сурок. В Саянах и Прибайкалье в небольшом количестве добывают соболя. Второстепенным объектом охоты служат таежные и высокогорные птицы: глухарь, рябчик, куропатка, улар, летом на горных озерах добывают немало гусей и уток.
В последние годы много сделано для обогащения фауны. С Дальнего Востока на Алтай и в Саяны были завезены пятнистый дальневосточный олень и енотовидная собака , которые прекрасно акклиматизировались. Важное промысловое значение приобрела также ондатра .
