Подготовленная предшествующим развитием политической мысли на Руси, ростом национального самосознания в годы воссоединения русских земель, окончательного освобождения от татарского ига и утверждения независимости Русского государства, политическая теория "Москва - Третий Рим", обосновывавшая всемирно-историческое значение столицы Русского государства — Москвы как политического и церковного центра. Теория была изложена в характерной для средневекового мышления религиозной форме и утверждала, что исторической преемницей Римской и Византийской империй, павших, по мнению теоретиков, из-за уклонения от «истинной веры», является Московская Русь — «Третий Рим» (Два Рима падоша, а третий стоит, а четвертому не бысти). Литературное выражение мысль эта нашла у старца псковского Елеазарова монастыря иосифлянина Филофея, в посланиях к вел. князю Василию III. Теория Третьего Рима до конца XVII в. не выходила из сферы отвлечённых вопросовно и позже она никогда не получала характера определенной политической программы Она сыграла значительную роль в оформлении официальной идеологии Русского централизованного государства и в борьбе против попыток Ватикана распространить свое влияние на русские земли.
Серьезным испытанием для церкви стал конфликт между нестяжателями и иосифлянами.
Иосифляне (Осифляне) — последователи Иосифа Волоцкого, представители церковно-политического течения в Русском государстве в конце XV — середине XVI веков, отстаивавшие крайне консервативную позицию по отношению к группам и течениям, требовавшим реформирования официальной церкви. Отстаивали право монастырей на землевладение и владение имуществом в целях осуществления монастырями широкой просветительской и благотворительной деятельности.
Нестяжатели - монашеское движение в России в конце XV — первой половине XVI веков, выступавшее против монастырского землевладения. Различия во взглядах с их оппонентами, иосифлянами, также касались отношения к раскаявшимся еретикам, отношении к поместному (национальному) и общецерковному преданию, ряду других вопросов.
Во главе противников церковного землевладения стал Нил Сорский, выступивший с проповедью аскетизма и ухода от мирских забот.
Первым документально зафиксированным случаем столкновения иосифлян и нестяжателдей был поместный собор Русской Церкви 1503 года. Собственно говоря, собор был посвящён дисциплинарным вопросам, но, согласно источникам, в конце собора или, скорее всего, после соборных заседаний, Нилом Сорским был поднят вопрос о том, может ли монастырь владеть землей. Оппоненты не смогли прийти к единому мнению, хотя царь Иван III и симпатизировал идее о секуляризации церковных земель.
Как бы то ни было, в 1504 году в Москве был созван новый церковный собор, осудивший видных деятелей ереси на смерть.
Усиливающаяся централизация Московского государства требовала централизованной церкви. Необходима была ее унификация — введение одинакового текста молитвы, одного и того же типа богослужения, одних и тех же форм магических обрядов и манипуляций, составляющих культ. С этой целью во время правления Алексея Михайловича патриархом Никоном была проведена реформа, оказавшая значительное влияние на дальнейшее развитие православия в России. За основу изменений была взята практика богослужений в Византии.
После крещения Руси в ритуале византийской церкви произошли некоторые изменения. Задумав исправление книг по греческим образцам, Никон понял, что без решительной ломки многих укоренившихся в русской церкви обрядов не обойтись. Помимо изменений в церковных книгах, нововведения касались порядка богослужения. Так, крестное знамение надо было творить тремя пальцами, а не двумя; крестный ход вокруг церкви совершать не по солнцу (с востока на запад, посолонь), а противу солнца (с запада на восток); вместо земных поклонов надо делать поясные; крест почитать не только восьми- и шестиконечный, но и четырехконечный; аллилуйю петь три раза, а не два и некоторые другие.
Реформа была провозглашена на торжественной службе в московском Успенском соборе в так называемую Неделю православия 1656 г. (первое воскресенье Великого поста). Царь Алексей Михайлович поддержал реформу, а соборы 1655 и 1656 гг. одобрили ее. Однако со стороны значительной части бояр и купечества, низшего духовенства и крестьянства она вызвала протест. В результате начался раскол церкви. Тех, что был не согласен с реформами, называли раскольниками. Против раскольников использовались средства власти: тюрьмы и ссылки, казни и гонения.
Патриарх Никон попытался утвердить приоритет духовной власти над светской, поставить патриаршество выше самодержавия. Он рассчитывал, что царь не сможет обойтись без него, и в 1658 г. демонстративно отрекся от патриаршества. Шантаж успеха не имел. Поместный собор 1666 г. осудил Никона и лишил его сана. Собор, признав независимость патриарха в решении духовных вопросов, подтвердил необходимость подчинения церкви царской власти. Никон был сослан в Белозерско-Ферапонтов монастырь.
