25 октября 1991 г. Указом Президента РСФСР образован Гос. тамож. комитет России. Эта дата отмечается как начало создания современной российской тамож. службы. ГТК был создан как центральный тамож. орган России. ГТК разработал программу развития тамож. службы на 1992-1995 гг. Она предполагала строительство новых таможен, особенно внутри страны, пограничных тамож. постов и пунктов пропуска; обеспечение их квалифицированными кадрами. Намеченная программа в основном была выполнена. Уже в нач. 1993 г. возросла доля внутр. таможен, на которых обрабатывалось более 81% тамож. деклараций. Россия сразу попала в трудные условия, т. К. 80% внешних грузов проходили через тамож. пункты стран СНГ. Прибалтийские страны первыми стали вводить тамож. барьеры, пытаясь нажиться на посредничестве. Возникла опасность двойного налогообложения. В течение года были выставлены тамож. посты на границах со странами Балтии, через которые проходило 70% внешнеторговых грузов. Создавались тамож. пункты на границах и остальными странами СНГ. Важным итогом является подготовка и принятие Тамож. кодекса и закона «О тамож.тарифе». Была пересмотрена структура центр. аппарата и региональных управлений. Созданы Северо-западная, Калининградская, Дальневосточная, Западносибирская и др. тамож. управления. В тамож. органы стало поступать новое оборудование: металлоискатели, эндоскопы, детекторы золота, алмазов и др. драг камней, тесты для определения наркотиков и т. д. Также таможня оснащается автотранспортом, речными и морскими судами, вертолетами.
1993 г. – постановление о создании Российской Тамож. академии; Новый тамож. кодекс.
Тамож. служба стала более насыщенной из-за увеличившегося числа участников ВЭД и распада СССР.