Таможенные органы, являясь управляемыми и управляющими системами, охвачены каналами прямой и обратной связи. Каналы прямой связи в системе таможенных органов формируются на основе соблюдения принципа единоначалия. Использование данного принципа продиктовано спецификой решаемых таможенной службой задач и обстановки, в которой эта служба функционирует: повышенная ответственность в принятии конкретных решений, динамика внешней среды, требующая от структурных единиц таможенной службы высокой степени управляемости.
Принцип единоначалия отражается в строгой субординации между элементами системы таможенных органов. В свою очередь, субординация проявляется в том, что различные приказы, распоряжения, поручения поступает к объектам управления от субъектов управления по каналам прямой связи сверху вниз, последовательно спускаясь по ступеням иерархии системы таможенных органов. Благодаря такому порядку обеспечивается централизация управления и согласованность работы структурных подразделений таможенных органов по решению стоящих перед ними задач.
Согласно результатам исследований, проведенных учеными РТА2, система обратных связей в контуре управления таможенным органом, посредством которой к субъекту управления поступает информация о состоянии управляемого объекта и результатах его деятельности, допускает передачу информации от различных источников, а не только от нижестоящего структурного подразделения. Это обусловлено заинтересованностью субъекта управления любого уровня в максимально полной информации осведомительного характера.
С внешней средой таможенные органы тоже связаны каналами прямой и обратной связи. Так, по каналам прямой связи ими оказываются управляющие воздействия на участников ВЭД, уполномоченных экономических операторов, таможенных представителей, перевозчиков, владельцев складов временного хранения, таможенных складов и магазинов беспошлинной торговли при совершении ими таможенных операций по поводу распоряжения товарами на таможенной территории или за ее пределами. По каналам обратной связи с внешней средой в таможенные органы поступает текущая информация о состоянии таможенной оперативно-служебной обстановки (ТОСО). Учет этой информации позволяет таможенным органам придавать управляющим воздействиям, направленным на внешнюю среду, целенаправленный характер.