Мазепа був гетьманом України протягом 21 року, він зміцнив соціальне й економічне положення козацької старшини а також наймані полки. Завдяки близьким дружнім стосункам з цар, Мазепа мав безліч маєтків і величезні статки. Його зусиллями і коштом споруджено і відбудовано понад 20 церков і соборів, багато шкіл і друкарень, розширено Києво-Могилянську академію, відбудовано Києво-Печерську Лавру, розбудовано столицю Гетьманщини Батурин. 3 його допомогою зведено Братську церкву, церкву Вознесіння в Переяславі. Період гетьманування Мазепи ознаменувався різким культурним та економічним підйомом України.
Мазепу було обрано гетьманом 26липня 1687 р. Він підписав угоду з Москвою — Коломацькі статті, за якими:
- Гетьман не мав права без царського указу позбавляти старшину керівних посад, а старшина – скидати гетьмана; гетьманському урядові заборонялось підтримувати дипломатичні відносини з іншими державами;
- в Батурині передбачалось розміщення полку московських стрільців;
У зовнішній політиці Мазепа проводив Промосковську політику. Гетьман зумів завоювати дружбу Петра І і стати його найближчим радником. Мазепа надавав активну допомогу російському цареві в його походах і реформах. У 1695 р. Петро І здійснив похід на турецьку фортецю Азов. У ході цієї кампанії російсько-українські війська взяли 14 міст і зруйнували фортеці Кизікермен і Кінбурн. У 1696 р. був узятий Азов. У 1700 р. Москва підписала з Туреччиною Константинопольський мир. Туреччина повернула Польщі Поділля разом із Кам'янцем. Залишене у складі Польщі населення Правобережної і Західної України страждало від соціального гноблення, що доповнювалося національним і релігійним. Перебування Поділля і Південного Правобережжя під ярмом Туреччини ще більше загострювало ситуацію. Залишаючи рідні місця, селяни втікали на нейтральну правобережну Наддніпрянщину, покозачувалися й утворювали козацькі полки. Польський сейм прийняв постанову ліквідувати правобережне козацтво, на що козаки відповіли повстанням. У 1699 р. спалахнуло повстання під керівництвом Самуся і Палія. Мазепа брав участь у придушенні цих виступів.
Іван Мазепа бачив, що царизм щодалі міцніше затискає автономію України, що чиновницька влада в Україні посилюється. Здійснення Кримських, Азовських та Дніпровських походів та участь у Північній війні тягарем лягло на плечі українського народу. Тисячі українців гинули у походах, на будівництві фортець та зведенні Санкт-Петербурга. Коли у 1708 р. Мазепа попросив у Петра І допомогу проти нападу Польщі та Швеції він отримав відмову. Усе це, а також наміри Петра І реорганізувати козацтво спонукало Мазепу почати переговори зі Швецією, вважаючи, що поразка Москви в Північній війні (1700-1721 рр.) дасть змогу Україні врятуватись. Переговори велись в таємниці. У 1708 р. гетьман з малим козацьким військом відкрито виступив проти Москви і пішов на з'єднання зі шведським військом, що надійшло на Україну. За зраду Петро І наказав піддати Мазепу анафемі, і його майже 300 років проклинали в усіх православних російських церквах. Після переходу Мазепи на бік шведів за наказом Петра І гетьманом обрали Скоропадського, до якого цар приставив Ізмайлова. Резиденція Мазепи Батурин була зруйнована, а їх населення винищено. У травні 1709р. було ліквідовано Чортомлицьку Запорізьку Січ.
27 червня 1709 р. під Полтавою стався вирішальний бій між військами Петра І і Карла XII, внаслідок якого шведський король і гетьман втекли з рештками розгромленої армії в межі володінь Туреччини. 1709 р. Мазепа помер у Бендерах ( Молдавія). Козаки і старшина, що були в еміграції, обрали гетьманом Пилипа Орлика.
