В 16 в. восточные патриархи часто обращаются в Москву за финансовой поддержкой.
В 1588 г. правительство Годунова настояло на избрании Собором 26 января 1589 г. на патриарший престол московского митрополита Иова (1589— 1605 гг.). С указанием о Москве как о «третьем Риме».
Таким образом с 1589 г. в России учреждается патриаршество, и русская церковь получает полную самостоятельность.
В годы Смуты церковь в целом и особенно монастыри стали одним из основных оплотов борьбы за национальное возрождение. Патриарх Филарет в значительной степени сконцентрировал в своих руках и духовную, и светскую власть. Он в равной степени стремился укреплять обе власти.
В 1ой половине 17 в. удалось приблизиться к идеалу двуединства церкви и государства.
Высшее управление Русской Православной Церкви представлял патриарх в единении с собором высших церковных иерархов.
Русский первоиерарх не имел при себе постоянного собора (синода).
Собор 1667 г. принял решение о двукратном в год созыве соборов.
Компетенция: выборы патриарха или назначение других церковных иерархов, канонизация святых.
В 1620—1626 гг. патриарх Филарет провел реформу управления огромным церковным имуществом и персоналом.
Для заведования патриаршей областью были созданы приказы.
В результате на смену двухчастной системе (государственные и дворцовые) пришло тройное деление приказных учреждений.
Приказ Духовных дел: выдавал грамоты духовным лицам, получавшим рукоположение от патриарха.
Казенный приказ ведал сборами в патриаршую казну.
Дворцовый приказ ведал светскими чиновниками патриарха и хозяйством его дома.
Здесь сложилась автономная служебная иерархия: патриаршьи бояре, окольничьи, дьяки и подьячие. Это укрепило позиции церкви, сохранявшей высокий авторитет и обладавшей огромной мощью.
В царствование царя Алексея Михайловича возникают противоречия между укрепившимся самодержавием и церковью.
Стремление светской власти поставить под контроль хозяйственную деятельность церкви, ограничить монастырское землевладение встретили сопротивление церковных иерархов, патриарха Никона.
Конфликт совпал с расколом церкви в результате реформы патриарха Никона по приведению богослужебных книг и обрядов в соответствие с греческими оригиналами.
Духовный раскол ослабил позиции церкви. Попытка Никона оказать давление на царя отказом от патриаршества завершилась лишением его сана и ссылкой.
Вселенским собором 1666 г. Церковь начинает попадать в прямую зависимость от государства, что является одним из индикаторов эволюции самодержавия в сторону абсолютной монархии.
