Основными классификационными признаками автоматизированных ИС являются: уровень в системе государственного управления; область функционирования экономического объекта; виды процессов управления; степень автоматизации информационных процессов.
По уровню государственного управления: ИС федерального значения; территориальные (региональные) ИС; муниципальные ИС.
По области функционирования экономического объекта: промышленные автоматизированные ИС; сельскохозяйственные ИС; транспортные ИС; ИС связи; Банковские ИС и т.д.
По видам процессов управления: ИС управления технологическими процессами; ИС управления организационно-технологическими процессами; ИС организационного управления; интегрированные ИС; корпоративные ИС; ИС научных исследований; обучающие ИС.
По степени автоматизации информационных процессов: ручные ИС; автоматизированные ИС; автоматические ИС.