Єдиної точки зору серед вчених щодо походження багатоклітинних не існує. Найбільш загальновизнаними є дві гіпотези походження Metazoa: гіпотеза гастреї Е. Геккеля (1874) та гіпотеза фагоцители І. Мечникова (1886).
Е. Геккель стверджував, що віддаленим предком багатоклітинних була кулеподібна колонія джгутикових одноклітинних. Спираючись на дані ембріології, Е. Геккель вважав, що в процесі еволюції спочатку виникли одноклітинні амебоподібні організми - цитеї, які об'єдналися в колонії - бластеї, що плавали в товщі води за допомогою джгутиків. Згодом одна частина колонії впиналася всередину, і таким чином виникав двошаровий організм із кишечною порожниною, що відкривалася назовні ротом - гастрея. Аналогічно при розвитку зародка із заплідненої яйцеклітини спочатку розвивається шляхом дроблення багатоклітинна одношарова стадія - бластула, потім шляхом впинання її стінок утворюється двошарова гаструла. Тому ця точка зору одержала назву гіпотези гастреї. Такий гіпотетичний предок - гастрея - плавав за допомогою джгутиків, які мав зовнішній шар клітин, а внутрішній вистилав кишечник і виконував функцію травлення. Цей предок розмножувався статевим шляхом і дав початок багатоклітинним організмам. Подібну будову мають кишковопорожнинні, від яких, на думку Геккеля, виникли всі інші багатоклітинні.
І. Мечников, вивчаючи онтогенез нижчих багатоклітинних, помітив, що їх ентодерма утворюється не шляхом впинання зовнішнього шару, а внаслідок проникнення окремих клітин у порожнину бластули. З них і розвивається спочатку нещільний, а потім більш щільний внутрішній шар. І. Мечников, як і Е. Геккель, вважав, що Metazoa розвинулись із колонії джгутикових. Однак утворення внутрішнього шару відбулося не шляхом впинання зовнішнього шару, а внаслідок заповзання окремих клітин стінки колонії в її порожнину. Цей процес був пов'язаний із внутріклітинним травленням (фагоцитозом), яке й здійснювали окремі клітини, що проникали в порожнину колонії. Тому І. Мечников і назвав гіпотетичного предка багатоклітинних фагоцителою.
Отже, спільним для обох гіпотез є те, що предковою групою багатоклітинних визнаються колоніальні джгутикові. Від фагоцителоподібних предків, на думку Мечникова, походять губки та кишковопорожнинні.
Подальшого розвитку гіпотеза фагоцители набула в працях А.В. Іванова. Він припускає, що від тих нащадків фагоцители, які перейшли до сидячого способу життя, походять губки; частина фагоцителоподібних тварин зберегла плаваючий спосіб життя, у них розвинулись м'язи, нервова система, рот. Вони дали початок двом групам тварин - первинним кишковопорожнинним і плоским червам.
Однак слід зазначити, що на питання щодо походження багатоклітинних організмів не існує однозначної відповіді, і в наші дні вчені продовжують дослідження в цьому напрямку.
