Как следует из вышеописанных примеров, возникновение и развитие интеграционных группировок суверенных государств - процесс сложный и противоречивый. Основным его противоречием является противоречие между национальными, государственно оформленными, и интернациональными экономическими интересами. Первые - объективное следствие возникновения и развития суверенных государств и национальной экономики, вторые - отличительная черта интернационализации хозяйственной жизни, следствие возрастающей целостности мирового хозяйства, возникновения и развития международного производства, экономической транснационализации и глобализации. Указанное противоречие - основное противоречие всего процесса интернационализации хозяйственной жизни, обнаруживающееся на каждой его стадии в специфических конкретных проявлениях.
На стадии межгосударственной интеграции это противоречие проявляется, во-первых, в столкновении экономических интересов государств внутри интеграционного образования, во-вторых, как противоречие интересов различных региональных интеграционных группировок, в-третьих, как противоречие интересов региональной интеграции и международных экономических организаций и корпораций.
На проявления основного противоречия большое влияние оказывают: уровень социально-экономического развития стран-участниц интеграции; масштабы и темпы экономических и политических преобразований; характер рыночных и политических реформ; противоречия между экономикой и политикой, обусловленные и субъективными факторами (в том числе национальными амбициями, стремлением к использованию власти в личных целях руководящих элит отдельных государств); состояние международных экономических и политических отношений, в частности, характер мировой рыночной конъюнктуры. Экономические интересы государств сталкиваются при определении цен и таможенных пошлин на товары и услуги, условий иностранного инвестирования, кредитования проектов, при решении проблем использования интеллектуальной собственности, проблем развития международного производства, создания свободных экономических зон, при разработке и реализации международных договоров и совместных законодательных актов в рамках интеграции, ведущих к некоторому ограничению суверенитета. В то же время национальные интересы зачастую вступают в противоречие с интернациональными интересами при решении глобальных проблем экологии, развития транспорта и энергетики, миграционных процессов, конверсии военного производства, использования достижений науки, научно-технического прогресса, образования, здравоохранения и т.д. Для последовательного разрешения всех этих противоречий необходим механизм межгосударственного сотрудничества, который обеспечивал бы оптимальное сочетание национальных и интернациональных интересов.
Режим свободной торговли является фактором усиления конкуренции, в которой побеждает сильнейший. Соответственно, либерализация взаимного обмена усиливает неравенство между странами-участницами. В связи с этим возникает проблема создания механизмов выравнивания выгод и уровней развития, защиты интересов наиболее слабых стран, а также подтягивания отсталых регионовчто требует значительных усилий и затрат со стороны более продвинутых участников интеграции