В целях облегчения последствий бюджетного дефицита для экономики страны может быть предпринят ряд мер по управлению бюджетным дефицитом.
1. Эмиссионное покрытие бюджетного дефицита. Бюджетный дефицит может быть уменьшен или даже полностью покрыт за счёт выпуска дополнительных денег. Такая мера провоцирует инфляцию, которая обесценивает внутренний долг и фактически удешевляет его обслуживание. Если темпы инфляции достаточно высоки, процентные ставки по государственным ценным бумагам могут даже стать отрицательными. Тем не менее, высокая инфляция, перерастающая в гиперинфляцию, крайне вредна для экономики государства, приводя к деградации денежной системы, обесцениванию сбережений населения, экономическому спаду. Помимо этого, в условиях инфляции государство вынуждено каждый новый выпуск государственных ценных бумаг обуславливать более высокой процентной ставкой, а также вводить ценные бумаги с плавающей процентной ставкой. Это в значительной мере нивелирует выгоду эмиссионного покрытия бюджетного дефицита.
2. Налоговое покрытие бюджетного дефицита. Введение дополнительных налогов и увеличение ставок существующих налогов в краткосрочной перспективе позволяет наполнить бюджет. Однако такая мера в дальнейшем может привести к невыгодности инвестиций и предпринимательской активности, а следовательно к сокращению производства и переходу части экономики в теневой сектор. Таким образом, налоговое покрытие бюджетного дефицита даёт лишь краткий эффект, в последующем уменьшая доходы бюджета в связи уменьшением налогооблагаемой базы.
3. Секвестирование бюджета. Представляет собой пропорциональное снижение всех расходных статей бюджета на определённую долю. Применяется с момента ввода и до конца бюджетного года. В рамках секвестирования возможно наличие ряда защищённых расходных статей, перечень которых определяется высшими органами власти. Ряд статей (таких, например, как обслуживание внешнего долга) секвестировать невозможно.
В Соединённых штатах Америки, например, существует разделение расходных статей бюджета на прямые (обязательные) и дискреционные. Прямые расходы гарантированы действующим законодательством (социальные пособия, программы медицинского обслуживания и т. д.) и не могут быть урезаны. Дискреционные расходы ежегодно рассматриваются и утверждаются конгрессом США в рамках бюджета на будущий год. Одновременно устанавливается лимит таких расходов. Если фактические расходы бюджета начинают превышать эти лимиты, то запускается механизм секвестирования, уменьшающий бюджетный дефицит (Закон Грэмма-Рудмана-Холлингса).