С началом войны была изменена система военного управления. 23 июня 1941 г. совместным постановлением СНК и ЦК ВКП (б) была создана Ставка Главного Командования РККА в составе 7 человек. Ее председателем стал Нарком обороны маршал С. Тимошенко.Членами Ставки были Г. Жуков, И. Сталин, В. Молотов, К. Ворошилов, С. Буденный и Н. Кузнецов.
10 июля 1941 г. ГКО преобразовал Ставку Главного Командования в Ставку Верховного командования, но уже под председательством И. Сталина, а вместо адмирала Н. Кузнецова в состав Ставки был введен Б. Шапошников.
8 августа 1941 г. совместным постановлением Президиума Верховного Совета СССР, СНК и ЦК ВКП (б) Верховным Главнокомандующим был назначен И. Сталин, который стал занимать три важнейших должности: Председателя ГКО, Наркома обороны и Верховного Главнокомандующего.
Основным рабочим органом Ставки Верховного Главнокомандования по руководству вооруженной борьбой стал Генеральный штаб. Подпись начальника Генерального штаба Б.Шапошникова ставилась рядом с подписью Верховного Главнокомандующего на всех его приказах.
С началом войны приграничные военные округа были преобразованы во фронты:
Постановлением ГКО от 30 мая 1942 г. при Ставке Верховного Главного Командования был создан Центральный штаб партизанского движения, а для непосредственного руководства партизанскими отрядами при военных советах соответствующих фронтов были созданы штабы партизанского движения.
Призыв в Вооруженные Силы в годы войны осуществлялся на основе положений Конституции СССР 1936 г., определившей, что "Защита Отечества есть священный долг каждого гражданина СССР", а также на основе закона "О всеобщей воинской обязанности" 1939 г. К концу войны в вооруженных силах насчитывалось 11 млн. 365 тыс. человек.
Призыв в вооруженные силы в годы войны проводился ню решениям ГКО, хотя по закону о всеобщей воинской обязанности 1939 г. должен был определяться решениями СНК.
В годы войны на одни-два года был понижен возраст призыва граждан на действительную военную службу.Предельный возраст состояния в запасе для рядового и сержантского состава был повышен с 50 до 55 лет.
Очередных отпусков в период войны для военнослужащих не было, а были отпуска только по болезни, ранению и при поощрении.
Постановлением ГКО от 20 ноября 1941 г. "О порядке присвоения очередных воинских званий начальствующему составу Действующей армии" сроки присвоения очередных воинских званий были сокращены.
18 августа 1941 г. Президиум Верховного Совета СССР своим указом "О присвоении военных званий начсоставу и красноармейцам, отличившимся в боях за Родину" предоставил военным советам фронтов и армий право присвоения внеочередных воинских званий начсоставу, младшим командирам и красноармейцам, отличившимся в боях за Родину.
Президиум Верховного Совета СССР Указом от 10 ноября 1942 г. предоставил право награждения орденами и медалями СССР и нагрудными знаками командующим фронтами, флотами, армиями и флотилиями, командирам корпусов, дивизий, бригад и полков. Такие награждения производились от имени Президиума Верховного Совета СССР и утверждались им.
Вручение орденов в медалей СССР начальствующему и рядовому составу Красной Армии и Военно-Морского Флота производилось непосредственно в частях, где служили награжденные.
6 января 1943 г. указом Президиума Верховного Совета СССР были введены новые знаки различия для личного состава Красной Армии - погоны. Они служили для определения воинского звания и принадлежности военнослужащих к тому или иному роду войск (службе). Погоны были установлены полевые и повседневные. Основное отличие полевых погон было в том, что поле их независимо от рода войск (служб) имело цвет хаки.
Постановлением ГКО от 4 февраля 1943 г. были введены персональные воинские звания инженерно-техническому, юридическому и административному составу Красной Армии. Для военно-юридического состава вводились следующие звания: младший лейтенант юстиции, лейтенант юстиции, старший лейтенант юстиции, капитан юстиции, майор юстиции, подполковник юстиции, полковник юстиции, генерал-майор юстиции, генерал-лейтенант юстиции, генерал-полковник юстиции.
24 июля 1943 г. указ Президиума Верховного Совета СССР "О порядке присвоения воинских званий военнослужащим Красной Армии" установил деление военнослужащих Красной Армии на: рядовой состав, сержантский состав, офицерский состав и генералов.
Первичным офицерским званием в Красной Армии стало звание "младший лейтенант". Оно могло присваиваться: а) лицам сержантского состава, а также лицам рядового состава за проявленное умение командовать в бою; б) лицам, окончившим краткосрочные курсы младших лейтенантов; в) курсантам, окончившим военные училища; г) лицам сержантского и рядового состава, сдавшим установленные за курс военного училища экзамены по специальности, в том числе и лицам административной службы.
26 июня 1945 г. указом Президиума Верховного Совета СССР было установлено высшее воинское звание - Генералиссимус Советского Союза, которое должно было персонально присваиваться Президиумом Верховного Совета СССР за особо выдающиеся заслуги перед Родиной в деле руководства всеми вооруженными силами государства во время войны.
На следующий день 27 июня 1945 г. звание Генералиссимуса Советского Союза было присвоено Верховному Главнокомандующему И. Сталину.