За будовою і функціональними можливостями у корені виділяється чотири гістологічні зони ділення клітин (з кореневим чохликом); росту; всмоктування; проведення; укріплення і галуження.
Зона ділення клітин, або ембріонального росту - кінчик корення, наймолодша зона довжиною 1-2 мм. Складається із клітин-ініціалей апікальної меристеми, які знаходяться у стані постійного поділу, а також з їх похідних. Кінчик кореня прикритий кореневим чохликом - каліптрою, що захищає молоді клітини від механічних та інших ушкоджень. Утворюється він зовнішнім каліптрогенним шаром апікальної меристеми. Має ковпачкоподібну форму і складається з живих паренхімних клітин із високим тургором і тонкими оболонками, що ослизнюються. Поверхневий шар чохлика постійно руйнується, але поповнюється зсередини новими клітинами. У кореневому чохлику головного кореня містяться зерна оберігального крохмалю, які чутливі до гравітації і забезпечують позитивний геотропізм - ріст кореня вниз. Кореневий чохлик відсутній у напівпаразитів (омела, повитиця), а у багатьох водних рослин кінчик кореня захищений від вими Зона росту, розтягування і диференціації клітин складає також кілька міліметрів. Тут клітини набувають циліндричної форми, вакуолізуються, збільшуються у розмірах, що обумовлює здовження кореня, його заглиблення в ґрунт. Ближче до зони всмоктування відбувається спеціалізація, диференціація клітин на паренхіму, елементи ксилеми і флоеми.
Зона всмоктування, або зона кореневих волосків, становить 5-20 мм, знаходиться над зоною росту. Характеризується наявністю всисної тканини епіблеми і кореневих волосків - трубчастих виростів клітин епіблеми , які всмоктують із ґрунту воду і мінеральні розчини. Волоски функціонують протягом 10-20 днів, відмирають і замінюються новими. У цій зоні завершується диференціація клітин первинних тканин і формується первинна анатомічна будова. Зона проведення і укріплення, або зона бічних коренів, розташована вище зони всмоктування . Сформовані в ній провідні тканини забезпечують пересування двох течій - мінеральних і органічних речовин, а утворені із перициклу бічні корені закріплюють рослину у ґрунті. У цій зоні односім'ядольні рослини зберігають первинну будову з невеликими змінами, а у двосім'ядольних і голонасінних у зв'язку з появою і діяльністю камбію і фелогену корінь потовщується і набуває вторинної анатомічної будови. Якщо корінь виконує запасаючу функцію (коренеплід, коренебульба), то ця зона накопичує поживні речовини і значно потовщується за рахунок розростання запасаючої тканини лубу чи деревини . Корені первинної будови характеризуються наявністю трьох систем тканин - покривної, первинної кори і центрального циліндра. У якості покривних тканин виступають: епідерма (зона проведення у однодольних), епіблема (зона всмоктування), веломен у повітряних коренів
Вторинна будова кореня формується в зоні укріплення у голонасінних і двосім'ядольних покритонасінних рослин завдяки появі і функціонуванню вторинних бічних меристем - камбію у центральному циліндрі і фелогену у первинній корі. Камбій у вигляді дуговидних ділянок утворюється з перициклу над променями первинної ксилеми та із прокамбію або паренхіми під флоемою.
