Зародження ботаніки сягає в глибоку давнину, коли люди почали використовувати рослини для своїх практичних потреб (харчування, лікування, виготовлення одягу тощо). Більше як 20 тис. р. тому людина вже вміла розпізнавати і використовувати для себе корисні рослини (харчові, лікарські та ін.).
З розвитком землеробства поглибились знання про рослини. Так, за даними археологічних розкопок, у будівлях, які були зведені 6000 років до н.е., знайдені зерна пшениці, ячменю, гороху, проса, маку, льону, яблуні, винограду та ін. рослин.
У Стародавньому Китаї та Індії за 2700 років до н.е. згадується багато видів рослин, особливо зернових (пшениця, просо) та лікарських.
Але документальні дані свідчать, що розвиток ботаніки почався пізніше у V-IV столітті до н.е. У цей час описується багато рослин, зокрема лікарських.
Лікар Гіппократ, який жив у V-IV столітті до н.е., описав більше як 200 лікарських рослин. Грецький філософ і природодослідник Теофраст (370-286 рр. до н.е.) у своїй 10-томній роботі “Дослідження про рослини” описав понад 450 рослини і запропонував свою класифікацію. У цій же роботі він поділяє тіло рослин на основні органи — корінь, стебло і листок, описав бруньки дерев, вегетативне і насінне розмноження, розрізняв життєві форми — дерева, кущі, трави.
У Стародавньому Римі вчений Пліній Старший, який жив у І столітті н.е. написав 37- томну працю “Природнича історія”, у якій згадується біля 1000 видів рослин.
Таким чином, наука ботаніка на різних етапах свого розвитку була тісно пов’язана із практичними потребами людини.
У середні віки у ботанічній науці як і в інших галузях науки, особливо в природничих, спостерігався деякий застій, що було обумовлено пануванням релігійного світогляду.
У 1609-10 рр. Галілео-Галілей вперше сконструював мікроскоп, а у 1612 р. брати Янсени займались його вдосконаленням.
З цього часу почалось дослідження внутрішньої будови рослин. До початку XVIII ст. серед вчених існувала точка зору, згідно з якою всі організми земної кулі мали аморфну будову без будь-якої структури. Водночас відомий англійський вчений фізик Роберт Гук, розглядаючи пляшковий корок під мікроскопом, який він удосконалив, зауважив, що корок складається з великої кількості отворів правильної форми. Ці отвори він назвав клітинами (cellula). Про своє відкриття він описав у книзі “Мікрографія”, яка була надрукована у 1665 р. Цей рік вважається роком відкриття рослинної клітини. Дослідження Гука продовжував його товариш ботанік Неємія Грю, який з’ясував, що клітини характерні для всіх тканин рослин, але вони не однакові за формою, розмірами та призначенням. Дослідження будови рослин проводилися не лише в Англії, одночасно з англійськими ботаніками будову рослин вивчали італійські вчені і , зокрема, Марчелло Мальпігі (1628-1694). На основі своїх спостережень М. Мальпігі, так само як і Н. Грю , дійшов висновку, що рослини складаються не з однакових як за розмірами так і за формою клітин.
Про свої дослідження будови рослин два визначні ботаніки того часу англієць Неємія Грю та італієць Марчелло Мальпігі доповіли 29 грудня 1671 р. на засіданні Лондонського наукового товариства. Цю дату — 29 грудня 1671 р. вважають роком зародження анатомії рослин як самостійного розділу ботаніки.
