Губки розмножуються статевим і нестатевим шляхом. Нестатеве—-вегетативне — розмноження відбувається шляхом зовнішнього чи внутрішнього брунькування, поздовжнього поділу та фрагментації.
Внутрішнє брунькування характерне для прісноводної губки бодяги. Воно відбувається в паренхімі. Група амебоцитів, багатих на поживні речовини, відокремлюється від інших клітин за допомогою щільної оболонки складної будови, яка продукується коленцитами. Вона складається з двох шарів органічної речовини (спонгін), між якими розташований пінистий шар, що містить повітря. У деяких видів бодяг у пінистому шарі локалізовані особливі скелетні елементи — амфідиски, що мають вигляд коротеньких паличок із зіркоподібними дисками на кінцях. Вони запобігають злипанню спонгінових шарів, а пінистий шар створює надійну термоізоляцію. Така зимуюча брунька називається гемулою. Протягом літа в кожній губці накопичується велика кількість гемул. Восени колонії бодяги гинуть, а гемули зимують. Навесні археоцити виходять назовні через особливий отвір — пору та розвиваються в нову губку.
Статеве розмноження характерне для більшості губок. Вони бувають роздільностатевими та гермафродитами. У різних систематичних груп спостерігаються два різних типи метаморфозу. У більшості вапнякових губок запліднене яйце ділиться повністю та рівномірно, в результаті дробіння утворюється бластула, що складається з однакових джгутикових клітин. На цій стадії зародок залишає материнський організм і стає вільноплаваючою личинкою. Згодом частина клітин втрачає джгутики та мігрує всередину личинки (імміграція). Поступово порожнина бластули повністю заповнюється безладно розташованими амебоїдними клітинами. Така личинка називається паренхімулою. Через деякий час паренхімула осідає на субстрат і з неї розвивається маленька поодинока губка.
У звичайних, скляних і деяких вапнякових губок яйце дробиться нерівномірно, тобто одна півкуля бластули складається з мікромерів, дрібних джгутикових клітин, а друга — з макромерів, великих безджгутикових клітин, багатих на запасні речовини (жовток). Така личинка називається амфібластулою.
