История фонемы ě (ѣ) в разных русских диалектах различна, поэтому не принято говорить о ее общерусской судьбе. В исходной системе ДРЯ ê(ѣ) была самостоятельной фонемой передней зоны образования, средне-верхнего подъема, нелабиализованной. В истории русского языка фонема ê(ѣ) исчезла: в большинстве диалектов на ее месте произносится [е], в других [и], в некоторых дифтонг [ие]. В ДРЯ произносился как закрытый [ê], приобретающий характер дифтонга [ие]. Изменение шло по двум направлениям: либо усиливалась первая часть дифтонга, тогда [ê] (ѣ) изменялись в [и]; либо усилвалась вторая часть дифтонга, тогда [ê] (ѣ) изменялся в [е]. В волгодонских и новгородских северно-русских, а та же в воронежских и рязанских южнорусских говорах на месте [ê](ѣ) сохраняется [ê]-закрытый или дифтонг[ие].
В московском говоре ê(ѣ) сохраняется долго, возможно до 18 в.. В русском литературном языке, на формирование которого оказал влияние именно московский говор, [ê](ѣ) совпал с [е], но этот новый [е] в позиции под ударением после мягкого согласного перед твердым не перешел в [о]. Иногда в словах на месте исконного [ê](ѣ) фиксируется [и]: сиди из сѣдѣти, мизинец из мѣзиньць. Объясняется это изменение межслоговой ассимиляцией: в следующем слоге был [и].
История фонемы ě (ѣ), как и история других элементов фонетической системы русского языка, восстанавливается по данным древних письменных памятников и современных диалектов. Но необходимо учитывать, что смещение на письме ѣ с буквами е или и отражает реальную судьбу данной фонемы только в том случае, если позиция фонетически не обусловленная – перед твердым согласным под ударением. Так, например, между двумя мягкими согласными [е] мог получить закрытость и совпасть в звучании [ê] (ѣ) или в безударном положении артикуляция ослабевала и звуки совпадали, что и отражалось в тексте.