В начале XVI века Селим I после завоевания Месопотамии в 1516 году направил свои войска в Сирию, Ливан и другие арабские области. Турецкие и мамлюкские армии столкнулись в том же году севернее Халеба. Мамлюкский полководец Кансух Гури погиб, турки захватили до 1 млн. динаров, а в середине октября заняли Дамаск. Турок принимали как освободителей от мамлюков, поэтому против них начались восстания. В начале 1517 года турки заняли Каир, Туман-бей отступил в Верхний Египет, но был быстро разгромлен и казнён. Одновременно шериф Мекки через после передал покорность Хиджаза и сказал, что упомянул его имя в пятничной молитве.
В 1520 году пират Хайраддин Барбаросса подчинил себе Алжир и объявил себя вассалом турецкого султана. В 1536 году Сулейман Великолепный вошёл в Багдад (разделив его на 20 санджаков), в стране был восстановлен религиозный мир. В 1538 году Сулейман-паша Арнаути захватил Аден и направился в Сану, но уже в середине XVII века турки потеряли реальную власть над Йеменом.
В 1551 году турки захватили Триполи, пытались подчинить Марокко, но встретили сильный отпор государства, которое и в начале XX века сохраняло свою независимость.
Тунис был завоёван только к 1574 году. В 1638 году после вековой борьбы у Ирана был отобран Ирак.
По всей территории Империи были проведены переписи земель, самые плодородные были включены в султанский домен. Страны были разделены на пашалыки или эйалеты, во главе которых стояли вали (губернаторы) либо правители с титулом паши, которые осуществляли военно-административные функции, причём степень зависимости каждой области была различной. Для каждой области было составлено законоположение, учитывавшее специфику хозяйства, национальный и религиозный состав населения, местные обычаи и традиции. Где-то были только налоги и дань (Северная Африка, восточные владения), а где-то османы распространили и свою феодальную систему (Сирия, Мосул). Так, в ливе (провинции) Мосул, разделённой на 5 санджаков, в 1574-1595 гг. было составлено законоположение, по которому надел крестьянина – чифтлик – равнялся 80 дёнюмам (40*40 шагов) на земле высшего качества, 90 – на средней земле и 150 – на неплодородной земле. За необработку земли полагался налог в зависимости от надела – от 75 до 300 акче.
Сирийский эйалет был разделён на 11 санджаков, Халеб – на 6. В общем они должны были выставить свыше 10 тыс. воинов.
Поземельный налог сокращать не разрешалось, была упорядочена система вакфов и мульков. В торговле в XVI веке ведущую роль играли венецианцы, в XVII веке с ними начали конкурировать французы, а англичане сначала присутствовали эпизодически.
В 1618 году Фахр ад-Дин из ливанского рода Маанидов занял большую часть Антиохии, а в 1623 году – Палестину. Однако из-за слабой армии в 1635 году он был разбит.
Египет был выделен в отдельный пашалык, в 1564 году там правил бывший Багдадский наместник Али-паша ас-Суфи, а в 1566 году – бывший правитель Алеппо Синан-паша. Когда последний в 1569 году был отправлен с войском в Йемен, его замещал Черкес Искандер-паша, который освободил нетрудоспособных и большую часть «людей пера» от налогов, а сам Синан-паша, вернувшись в 1571 году, расчистил Александрийский канал, при нём также были построены мечеть, рынок, бани, в Булаке он построил также рынок, склады, караван-сараи и большую мечеть, названную его именем.
В 1565 году Махмуда-пашу встретил правитель Верхнего Египта Мухаммед ибн Омар и преподнёс подарки и 15 тыс. золотых монет. Тот принял, а потом приказал его задушить, а с ним Юсуфа аль-Ибади, который подарков не подарил.
В 1567 году умер эмир Ибрагим, паша захватил все его богатства, а в доме нашёл 100 тыс. золотых монет, которые частью употребил на подарки султану и двору.
Правившему с 1580 по 1583 год Хасану-паше было продано из казны 100 442 ардеба (ардеб ~100-175 кг) пшеницы, он занимался злоупотреблениями и взяточничеством. Часто паши при замене оказывались должны казне, часто откупались от наказаний.
В непосредственный штат правителя входили заместитель, хранитель печати, казначей, переводчик. Для организации управления был учреждён диван, глава которого также непосредственно подчинялся наместнику. Капитаны морских частей охраняли порты, капудан-бей Александрии должен был ещё и охранять морской караван, отвозивший в Стамбул ежегодные платежи деньгами и натурой. Армия Египта была разделена на 7 оджаков, офицеры занимали невоенные должности.
В конце XVI – начале XVII века в войсках начались мятежи. Никто не хотел дисциплины, а хотели только денег.
В политической жизни большую роль играли мамлюки. Селим I даровал титул беев с приравниванием в титулу двухбунчужного паши 12 мамлюкам, а другие 12 должны были быть их заместителями. Их глава – шейх ал-балад (глава страны) входил в диван и фактически стал правителем страны. Эмир ал-хадж (предводитель паломников) отвечал за безопасность каравана и возил ежегодные подарки в Мекку и Медину, получая при этом 20 млн. пара. В последней четверти XVI века эмиры стали выдвигать из своей среды казначеев и пользоваться фондами казны в своих целях, но правительство сократило полномочия казначея.
Из мамлюков назначались правители 14 провинций.
Беи первого ранга получали 300-400 тыс. пара в год, второго – 200-300 тыс. пара, всего они получали около 7 млн. пара. В 1524 году им по закону разрешили собирать по 10 пара с каждой деревни при объезде провинций.
Хотя икта была упразднена, мамлюки в XVII веке превратились в крупнейших феодалов, и первоначальный расчёт султанов на противопоставление друг другу пашей, мамлюков и оджаков не оправдался.