Окончательное превращение губернаторов в даймё, развитие торговли и угроза иностранного порабощения подтолкнула Японию к объединению, инициаторами которого выступили даймё центрального Хонсю Ода Нобунага, Тоётоми Хидэёси и Токугава Иэясу.
В 1571 году Ода Нобунага сжёг монастырь на горе Хиэй, уничтожив церковную оппозицию, а двумя годами позже сверг последнего сёгуна периода Муромати Асикага Ёсиаки. Ода стимулировал развитие торговли, ввёл киотскую меру – 1,8 л, установил твёрдый обменный курс, стремился поставить под контроль города, жесточайшим образом подавлял восстания, но не смог избежать распрей в собственном лагере, и, окружённый войсками противника в киотском храме, в 1582 году покончил жизнь самоубийством. Его ближайший соратник и подчинённый, Тоётоми Хидэёси, продолжил политику старшего товарища, осуществил обмер «прямо контролируемых владений», осуществил «вторичное закрепощение крестьян», провёл перепись, в которой разделил податных и безземельных. Ещё в 1568 году был издан указ о норме подати, которую определил в 2/3 урожая. В 1582 году был упразднён контроль двора над заставами в Киото, а через три года упразднены дза. В 1587-1588 гг. чеканятся большие золотые монеты. В 1588 году было запрещено иметь мечи, кинжалы, ружья и другое оружие. В 1591 году устанавливается трёхсословное деление общества на самураев (си), крестьян (но) и горожан (симин). В 1597 году вводятся пятидворки и десятидворки, устанавливается круговая порука, осуществляется декоммутация ренты.
В 1587 году запрещается миссионерская деятельность, в 1591 году, через 8 лет после требования дани, к корейскому королю отправляется требование о вассалитете, и после отказа, в мае 1592 года, 137-тысячная армия японцев высаживается на юге Корейского полуострова и менее чем за 20 дней его захватывает. Однако в целом кампания заканчивается неудачно и ослабляет некоторых феодалов и торговцев.
В 1598 году Тоётоми Хидэёси умирает, и через некоторое время страну объединяет Токугава Иэясу, разбивший в 1600 году потомков Хидэёси при Сэкигахаре и провозгласивший себя сёгуном в 1603 году.
