В Японии в XV веке происходило одновременно два разнонаправленных процесса – распад вотчин и становление княжеств. «Сюго даймё» (губернатор-князь) получал последний тип сёэна – вотчину жалованного типа, но уже владел поместьем-княжеством. Губернаторы постепенно превращались в полноправных феодалов, хотя вотчинные должности на первых порах не уничтожались, а передавались вассалам даймё для лучшего контроля над усилившейся сельской общиной, которые боролись за низкие налоги, отмену долгов, смещение бесчинствующих чиновников. Боролись по-разному – тяжбами, уходом, мятежами, петициями, но боролись разрозненно, не поддерживая соседей, хотя иногда дело доходило до разгромов складов столичных ростовщиков (1454, 1457 гг.) и даже до нападения на дворец императора в Киото (1447 год). Для обороны князья возводили замки (например, Ота в 1457 году основал Эдо), возле которых возникали города. Число таких призамковых городов достигло к концу XVI века 83. Активизировались тойя – оптовые торговцы и старейшины в городах.
Постепенно, помимо системы санкин котай складывается практика совета-сходки с участием представителей 7-8 наиболее влиятельных родов. Несмотря на это, пребывание губернаторов-князей в столице ослабляло их экономически и политически, и они стремились вернуться в свою провинцию, при этом возвращение без приказа расценивалось как измена.
В провинциях постепенно феодализировались уполномоченные в вотчинах (дзито), которые объединялись в лиги и союзы (икки) и звались теперь «провинциалами» (кокудзин). Из них же формировалась гвардия сёгуна. Сёгуны из рода Асикага владели 35 владениями в разных частях Японии. Ввиду ограниченности финансовых источников они изыскивали дополнительные источники доходов, в т.ч. облагают богачей налогом, устанавливали нормы обмена денег, издавали указы об аннулировании задолженности самураев перед торговцами и ростовщиками (токусэйрё) при внесении от 1/10 до 1/5 части долга (издавалось каждый месяц по 9 штук, а Ёсимаса издал 13).
В 1434 году с Китаем заключается торговый договор, действовавший до 1547 года.
Государственное управление осуществлялось Самурайским приказом, Административной палатой, Архивом и Судебным приказом – тем, что пришло из сёгуната Камакура. Была учерждена должность канрё – помощника сёгуна. В 1434 году 6 сёгун Ёсинори хотел разгромить монастырь на горе Хиэй, но его заместитель воспротивился, а его поддержал губернатор. Чтобы ослабить губернаторов, Ёсинори стал стравливать их, нарушать принцип наследования, даже отобрал земли у Акамацу и его сына Сукэясу, они его в 1441 году и убили. Наступила «эпоха воюющих провинций» (1467-1568), начало которого ознаменовалось войнами 1467-1477 гг., в ходе которых был разрушен Киото.
В 1485 году началось восстание Ямасиро. До 1487 года им руководили зажиточные крестьяне и возчики, было избрано Народное совещание из 36 человек, которые ежемесячно выбирали из своей среды главу провинции и созывали общие собрания. Налог был снижен вдвое – до 40%, установлен налог на монастырские владения. Правительственные войска были выведены из провинции.
С 1488 года в провинции повысились налоги, появились таможенные заставы, Народное совещание стало противопоставлять себя другим и к 1493 году практически распалось, а последние очаги восстания были ликвидированы в 1494 году.
Другой формой выступлений были «восстания за аннулирование долгов» и религиозные выступления, как, например, «восстания Икко», наиболее масштабно происходившие в провинции Микава с 1528 по 1580 гг. Крупнейшее восстание закончилось осадой Сакаи летом 1532 года и разграблением города Нара.
В XVI веке возникло три винокуренных объединения и одно гончарное, в 1549 году в Исидэре в провинции Оми появился беспошлинный «свободный рынок». Вообще начал складываться общеяпонский товарный рынок.
В 1543 году у берегов Японии появились португальцы, а через 6 лет – испанцы из Мексики, что принесло с собой огнестрельное оружие и христианство. Огнестрельное оружие поначалу было поводом к принятию христианства, первые опыты были неудачными (11 человек застрелилось), но постепенно дружины стали пополняться воинами асигару, набранными из крестьян и вооружёнными огнестрельным оружием. Христианство тоже постепенно распространялось, особенно на острове Кюсю, где стали открывать христианские церкви и школы.