После смерти в 1598 году Тоётоми Хидэёси началась междоусобная война между Иэясу Токугава и его противниками, которые сплотились вокруг сына Хидэёси – Тоётоми Хидэёри. 21.X.1600 в битве при Сэкигахара противники Иэясу потерпели поражение и укрылись в Осаке.
В 1603 году Токугава Иэясу принял титул сёгуна (главнокомандующего) и постановил своей столицей Эдо. С этого момента начинается история третьего в истории Японии сёгуната – Токугава – который продлится до 1867 года.
Токугава Иэясу начинает жёстко расправляться с оппозицией – в 1614-1615 гг. была окончательно нейтрализована Осака с остававшимися там сторонниками Тоётоми Хидэёри. Христианские даймё были казнены, у другой трети отобраны земли. Конфискованные земли распределялись между родственниками сёгуна.
Самураи, которые не шли за своим перемещаемым господином, превращались в ронинов. По завершении войны их оставалось ещё около 300 тысяч по всей стране.
В государстве сложилась сёгунско-княжеская политическая система. 200 владетельных даймё сохранили некоторые традиционные права, включая право суда и осуществления административной власти в пределах своего владения, при них остались и самураи. Владение считалось княжеством, если приносило в год не менее 10 тыс. коку риса.
Контроль их осуществлялся с помощью нескольких способов, таких, как санкин котай, т.е. заложничество, при котором даймё должны были каждый второй год приезжать вместе с семьёй, челядью и частью дружины в Киото, жить там весь год, принимать сёгуна и дарить ему дорогие подарки.
Сёгун обладал правом вето по отношению к наследникам даймё, мог лишить даймё права нанимать самураев, да и владения тодзама – враждебных даймё – были равномерно рассредоточены по всей стране так, чтобы они не могли скооперироваться. Ремесло и торговля в городах, подчинявшихся даймё, были переданы центральной власти вместе с самими городами.
Токугава Иэясу проводит аграрную реформу, ещё раз прикрепляя крестьян к земле. В среднем моногамная крестьянская семья, которая пришла на смену большой семье крестьян VII – XII вв., владела 0,36-0,45 га земли и собирали 640-800 кг риса, из которых ½, а зачастую и больше, отдавали в виде налога феодалу. Феодал, кстати говоря, своей запашки не имел, посему вместо барщины крестьяне отправляли гужевую повинность – со 100 коку урожая риса реквизировались две лошади и мобилизовывались два человека для обслуживания казённого транспорта.
Несмотря на стремление сёгунов успокоить страну, за один XVII век произошло 463 восстания, крупнейшими из которых было восстание в крепости Симабара в 1637 году, в котором участвовали около 30 тысяч человек, в основном христиан, во главе с Амакуса Сиро. Не без помощи голландской корабельной артиллерии восстание было подавлено, восставших с целью подтверждения отречения от христанства заставляли осуществлять тумиэ – топтание лика икон, отказавшихся распинали на крестах, которые стояли вдоль всех дорог в Симабара. Затем был период петиционных выступлений, крупнейшим из которых было выступление 1651 года во главе с Сакурой Согоро, а потом, ввиду бесполезности петиций, начались восстания.
С 1630 года было запрещено ввозить иностранные книги, тремя указами – 1633, 1636 и 1639 гг. под страхом смертной казни было запрещено покидать страну и строить океанские суда, а с 1641 года начал действовать принцип «сакоку» - страна на цепи. Единственное место соприкосновения страны с иностранцами – остров Дэдзима в порту Нагасаки, где было разрешено торговать англичанам, голландцам и немцам по разрешению сёгуна и на условиях ежегодных отчётов. Корейцы и китайцы допускались также в Хиросиму.
К закреплённым трём сословиям – самураям, крестьянам и горожанам добавилось четвёртое – ремесленников и торговцев (ко и сё), деревни были разделены на пятидворки в качестве фискальной и административно-полицейской единицы, ремесленники объединены в восстановленные наследственные цехи – дза, которые имели иерархическую структуру и право монопольного производства. Цехи и гильдии должны были приобретать у государства лицензию, а торговля и ремесло в 17 крупных городах была напрямую переподчинена государству.
Помимо основного числа самураев сформировались «чиновники под знаменем», непосредственно находившиеся в подчинении правительства. Самураев было около 400 тысяч, а дворянства вместе с семьями - 2 млн. из 28 млн. общего населения страны.
Вне 4 сословий стояли «жители посёлков», занимавшиеся нечистыми профессиями – обработкой кож, уборкой нечистот, захоронениями, акушерством и актёрством.
На протяжении периода сэкоку быстро росла прослойка богатых горожан в портах, которые могли подорвать общественный строй. К XVIII веку начал разлагаться лишившийся материального содержания корпус самураев, часть крестьян была вынуждена идти в города либо включаться в систему рассеянной мануфактуры, власть и богатство даймё также сокращались.
Власть сёгунов же только росла – укреплённая неоконфуцианством и системой мацукэ, с помощью которой шпионами была наводнена вся страна, они жёстко контролировали население.
Попытки реформ Токугава Ёсимунэ (реформы Кёхо) и Мацудайра Саданобу (реформы Кансэй), попытки военных реформ провалились, и в 30-х годах XIX века власть сёгунов стала ослабевать после голода и провала реформ Тэмпо, самураи давно были отчуждены от земли и стали экономически бесполезными придворными, тодзама во главе с домами Тёсю и Сацума начали поднимать голову и развиваться за счёт контрабандной торговли и собственной промышленности. В середине XIX века Мэтью Перри добился силой начала торговли США с Японией, затем началась торговля с Европейскими странами. Антииностранное и антисёгунское движение объединилось вокруг личности императора. Новый сёгун Токугава Ёсинобу 9 ноября 1867 года издал указ о возвращении государственной власти императору (тайсэн хокан) в надежде войти в правительство на правах премьер-министра, но уже 3 января император издаёт указ о реставрации императорского правления и начинает править самостоятельно. Сёгунат Токугава и 500-летнее владычество самураев уходит в прошлое.
