После распада державы Маджпахита и бегства аристократии на Бали и в Баламбанган Ява оказалась раздробленной на множество мелких государств, во главе которых стояли мусульманские династии.
В 1510 году Аффонсо Д’Альбукерки захватил Гоа и некоторые другие пункты на побережье, а в следующем, 1511 году, португальцы берут штурмом столицу Махмуд Шаха Малакку – крупнейший узел коммуникаций в Юго-Восточной Азии – и уничтожают Малаккский султанат, на территории которого было установлено прямое колониальное управление. Используя противоречия между султанатами Тернате и Тидоре, Португалия получила монополию на скупку пряностей на Молуккских островах, где производили гвоздику и мускатный орех.
Пиратские действия, попытки насаждения католичества и демпинг цен приводили к разорению значительных районов и восстаниям, которые участились с середины XVI века, а также к изменению торговых путей. Купцы, стремившиеся избежать грабежа, стали ходить южнее, через Зондский пролив, что обогащало западные берега Явы и Суматры, где в 1568 году был провозглашён султанат Бантам. Султанат быстро стал крупным торговым (интересный факт – государственная монополия на производство и сбыт перца) и военным центром, успешно отражавшим попытки португальцев закрепиться на Яве.
Другим центром сопротивления стал султанат Аче на севере Суматры, который имел связи с османской Турцией и серьёзно угрожал португальцам. Правда, соперником Аче стал султанат Джохор на юге Малайзии, где правящая династия провозгласила себя преемниками Малаккского султаната.
Вся вторая половина XVI века проходила в борьбе между португальцами, Аче, Джохором и их вассалами. С войнами росло значение прежде слаборазвитых отдалённых центров – султаната Брунея на Калимантане или Гова на юго-западе Сулавеси.
В 1575 году в центре Явы Сенопати ин Алага Саид-Дин Калифатулла Танах Яви, правитель княжества Матарам, объявил о своей независимости от бывшего сюзерена – султана Паджанга. При третьем султане - Агунге (~1613-1645), бывшем значала сусухунаном («тот, которому все подчиняются»), а потом султаном, государство включило в себя Яву от Бантама до Баламбангана и Мадуру.
23.VI.1596 в Бантам прибыла первая торговая экспедиция голландцев. Объединённая Ост-Индская компания, образованная в 1602 году, получила от Нидерландских Генеральных Штатов монопольное право торговли со всеми государствами к востоку от мыса Доброй Надежды до Магелланова пролива. В 1619 году была основана фактория и укреплённый порт в Джакарте (Батавии, по-голландски), который в 1628 -1629 годах был осаждён Агунгом, но не взят, уже в середине XVI века было заключено несколько «союзных договоров» с государствами восточной Индонезии и создана цепь укреплений на Тернате, Амбоине и островах Банда (где в 1621 году было потоплено в крови восстание рабов).
В 1641 году голландцы захватили Малакку и изгнали португальцев, однако до захвата всей Индонезии было ещё далеко.
