В дря в ед ч формы Им.п. (падежа субъекта) и В.п. (падежда объекта) не различались в словах м.р. с основой на о краткий (И п столъ, конь, В.п. – столъ, конь), с основой на и краткий (И.п. сынъ, В.п. гость). В словах ж р с основой на а такого совпадения не было (И.п. жена, В.п. женоу).
Поэтому с развитием языка, с развитием субъектно объектных отношений вставала необходимость найти средства разграничений действий субъекта с объектом, и вставала эта необходимость как раз для одушевления сущ, которые прежде всего и могли обозначать действующий субъект.
В дря установились новые грамматические категории: категория слов м.р. обозначала одуш предметы, у которых форма р.п. была использ. для обознач в.п. и категории слов м р, обоз неодуш предметы, у которых в п по прежнему остался равен по форме и п.
В некоторых конструкциях р.п. и в.п. употребл параллельно: выпил воды, выпил воду, а также в.п. употреблялся как дополнение к глаг параллел с р.п., выступая также в качестве дополнения с тем же глаг, но имея при себе отрицание: читал книги и не читал книги.
Итак, подобная близость синтаксич связей опред тот факт, что именно форма р.п. была использована для обознач в.п. одушевленного сущ.