В регуляції шлункової секреції виділяють три фази.
Першу фазу називають складнорефлекторною (мозковою). Вона об'єднує умовно-і безумовнорефлекторні впливи на шлункові залози. Секреція у першій фазі легко гальмується різними зовнішніми і внутрішніми подразниками (больовими, емоційними тощо).
Другу фазу секреції шлунка називають шлунковою (хімічною, нервово-гуморальною, гуморально-хімічною). Вона накладається на першу фазу. Ця фаза секреції зумовлена механічним чи хімічним подразненням рецепторів слизової оболонки шлунка їжею, а також впливом гуморальних чинників (гістаміну, гастрину тощо), що виробляються слизовою оболонкою шлунка. Гастрин зумовлює виділення шлункового соку з високим вмістом хлоридиої кислоти.
Гістамін спричинює виділення кислого соку, але є слабшим збудником секреції порівняно з гастрином. Виділення шлункових гормонів стимулюється блукаючим нервом, продуктами травлення, алкоголем.
Третя, кишкова, фаза шлункової секреції є результатом надходження шлункового вмісту до кишок, що сприяє виділенню кишками власних гормонів: ентерогастрину, що стимулює секрецію шлункового соку, секретину, мотиліну і серотоніну, які стимулюють секрецію пепсину. Гальмують шлункову секрецію ентерогастрон, нейротензин, гастроінгібуючий пептид (ГІП), холецистокінін (панкреозимін) та ін.
Перша фаза є пусковою, оскільки переводить залози зі стану відносного функціонального спокою до діяльного стану. Друга й третя фази — коригуючі. Вони пристосовують секрецію до виду їжі, особливостей травного процесу.
