Курс органической химии вносит важный вклад в решение учебно-воспитательных задач. В органической химии вводятся представления о веществах, составляющих организмы растений, животных, человека, об образовании этих веществ из неорганических, о тех изменениях, которые происходят с веществами в организмах и лежат в основе их жизнедеятельности.
Дальнейшее углубление в природу веществу при изучении органической химии, рассмотрение электронного и пространственного строения позволяет учащимся лучше понять закономерности микромира и сущность химических превращений. Познавательное значение органической химии заключается и в том, что она дает возможность познать многообразие форм вещества в природе, материальное единство органического и неорганического мира.
Курс органической химии открывает широкие возможности и для умственного развития учащихся: это постоянное оперирование категориями микромира (рассмотрение электронных, стереохимических представлений), возрастание роли дедукции в обучении. Опираясь на изучаемые теории, учащиеся смогут высказывать гипотезы, проверять их экспериментом и приобретать новые знания. Возрастает роль различных логических операций: сравнения, абстрагирования, обобщения и др.
Для реализации воспитывающих, развивающих функций важно обеспечить преемственность между курсом неорганической и органической химии. Взаимосвязь этих курсов выражается в использовании в качестве опорных знаний о строении атома, о периодическом законе, о природе химических связей.
Однако в содержании курса органической химии следует учитывать и отличительные особенности. Органическая химия как наука рассматривает специфический круг веществ (это углеводороды и их производные). В органической химии, в отличие от неорганической нет такого разнообразия качественного состава, поэтому объектами особого внимания становится взаимное влияние атомов в молекулах, явление изомерии. В неорганической химии практически не рассматривались высокомолекулярные соединения; в органической химии их изучение позволяет перейти к изучению биологически важных веществ. Реакции с участием органических соединений в своём большинстве растянуты во времени, протекают в нескольких направлениях, в то время как многие реакции, изучаемые в курсе неорганической химии, протекают практически мгновенно. Общие закономерности возникновения и протекания реакций в неорганической и органической химии едины, однако, для органических реакций необходимо более точно учитывать и подбирать условия, чтобы добиться нужного направления.
Таким образом, понятия, сформированные в курсе неорганической химии, претерпевают значительные изменения при переходе к органической химии.
Особенности современной методики изучения органической химии заключаются в том, что теперь она преподается не единым целостным блоком в X—XI классах, как раньше, а в течение двух периодов. Во-первых, в IX классе, где дается минимум сведений для того, чтобы выпускники девятилетней школы получили представления об органических веществах. Кроме того, этот раздел явится своего рода пропедевтикой (принцип концентризма) для изучения органической химии в старших классах по углубленной программе. Включение раздела органической химии в курс IX классов придаст курсу логическую завершённость, усилит внутрипредметные связи с неорганической и общей химией, тем более, что блок содержания органической химии в основной школе может быть размещен как в конце курса (например, в учебнике Е. Е. Минченкова и др.), так и в середине его, при изучении подгруппы углерода, где органические вещества рассматриваются как соединения углерода (например, в учебнике Н. Е. Кузнецовой и др.).
Органическая химия в основной школе изучается на тех же теоретических основах, что и неорганическая. Такой подход позволит показать, что между неорганическими и неорганическими соединениями нет принципиальных различий. Из-за малого объёма учебного времени водятся лишь отдельные понятия бутлеровской химической теории строения органических соединений.
В старших классах обучение органической химии включает элементы электронной и пространственной теории строения вещества.
Таким образом, обучение органической химии в настоящее время строится на основе современной теории строения, которая слагается из трех теорий: бутлеровской теории химического строения и двух дополняющих и развивающих ее теорий — электронной теории и теории пространственного строения (стереохимии).
Система понятий органической химии включает 5 групп: понятия химического строения, электронной теории и стереохимические, понятия высокомолекулярной химии, а также понятия о закономерностях химических реакций. Химическое строение и понятия стереохимии взаимосвязаны с электронным строением веществ. В неорганической химии учащиеся практически не встречались с проявлениями их влияния на свойства веществ. В органической же химии эти понятия играют решающую роль в изучении органических веществ. Если в неорганической химии рассматриваются только атомы в невозбужденном состоянии, то в органической химии — возбужденный атом углерода с его гибридными электронными облаками, направление которых в пространстве определяет конфигурацию углеродной цепи. Рассмотрим, какие научные критерии лежат в основе отбора для изучения классов органических соединений. Решение этой проблемы усложняется тем, что количество известных органических соединений исчисляется миллионами и происходит стремительное возрастание их числа с одновременным усложнением структуры. В основу системы отбора и построения курса органической химии положен принцип усложнения строения вещества: от относительно простых соединений — углеводородов — до сложнейших биоорганических соединений — белков и нуклеиновых кислот, представляющих химическую основу жизни, понимание которой и составляет основную цель органической химии и её изучения. Последовательность изучения органических соединений с учётом их усложнения.