Верхние слои многослойного эпидермиса ороговевают : клетки заполняются зернышками белка кератина, вытесняющими протоплазму и ядро. Под этим мертвым слоем расположен нижний мальпигиев слой, состоящий из живых размножающихся эпидермальных клеток ( рис. 12 ). За счет разрастания рогового слоя образуются щитки, чешуйки, иногда принимающие форму роговых зернышек или бугорков, шипы, когти. Под роговыми чешуями у некоторых видов рептилий в мезодермальном слое кожи - кориуме - залегают костные пластинки. У черепах они сливаются в костный панцирь, прирастающий к позвоночнику. В мальпигиевом слое и верхних частях кориума расположены пигментные клетки.
Кожа обеспечивает хорошую защиту от потерь воды испарением, механических повреждений и проникновения болезнетворных организмов. Одновременно она утратила способность к газообмену, испарению воды и выделению продуктов метаболизма. В связи с этим кожа почти лишена желез, столь многочисленных у амфибий . Одиночные железы рептилий , выделяющие пахучие секреты , сохраняются у ящериц на бедрах и в области клоаки, а у крокодилов, змей и черепах - на морде и некоторых других частях тела. Эти выделения играют роль химических сигналов: привлечении полов, мечении занятой территории пахучими следами. Кожа плотно прилегает к телу; исключение представляют лишь своеобразные амфисбены . Смена рогового покрова происходит путем линьки рептилий : полного или частичного сбрасывания старого рогового чехла и формированием нового. У многих видов линька проходит несколько раз в год.
Некоторые рептилии могут изменять свою окраску и изменять ее произвольно как под влиянием изменений в окружающей среде, так и под влиянием внутренних состояний: голода, возбуждения. Наиболее известны такие изменения у хамелеона (Chamaeleon vulgaris). В мальпигиевом слое эпидермиса хамелеона находятся иризирующие клетки с очень тонкой волнистой исчерченностью на поверхности. В волокнистом же слое кожи имеется большое число маленьких, тесно лежащих клеток, наполненных сильно преломляющими свет кристаллами гуанина. Диффузное отражение прямого света от этих клеток создает белый цвет. Клетки, которые лежат ближе к поверхности, заполнены маслянистыми каплями желтого цвета. Глубже лежат большие хроматофоры, большей частью с зернами черновато-коричневого или красноватого пигмента, которые движутся в разветвленных отростках хроматофор. Когда эти отростки сокращаются, пигмент собирается в основной части хроматофора, и кожа кажется желтой или белой. Когда весь пигмент сдвигается к поверхности волокнистого слоя кожи, животное выглядит темным, иногда черным. В промежуточном состоянии цвет изменяется в зеленый благодаря дифракции лучей в желтоватом внешнем слое и в тонко исчерченных иризирующих клетках мальпигиева слоя. Te части, в которых хроматофоры не посылают пигмента, кажутся желтыми пятнами.
Кроме того, движения пигмента к поверхности кожи вызываются понижением температуры, при повышении же ее пигмент уходит глубже.
