В 1566 г. почти прекращаются репрессии, многие ссыльные были прощены им были возвращены их вотчины. Стабилизация внутри политического положения была использована для мобилизации войска к Ливонской войне.
Участники собрания поддержали план Грозного, но обратились с просьбой – отменить опричнину. Итогом стала – казнь большинства просящих. Но собор одобрил новые налоги на мобилизацию военных действий. Но в 1568-1569 гг. попытка закончилась неудачей. Ответом стала новая волна репрессий. Эти репрессии обострили конфликт Ивана IV с руководителями русской церкви. Церковь выступала против репрессий и опричнины. В 1566 г. митрополит Афанасий отказался от своего титула. Вместо этого Иван Грозный назначил нового митрополита Филипа. Но Филип ещё более энергично стал выступать против опричнины. Летом 1568 г. Иван Грозный сумел подговорить епископов лишить Филипа сана по надуманному предлогу. Приемник Филипа не был даже потенциальной угрозой для Ивана IV.
В 1569 г. Турки попытались захватить Астрахань. Русское войско возглавил Владимир Старицкий. Жители Поволжья с восторгом встретили Владимира, видя в нем единственного избавителя от опричнины. Осенью, Владимир Андреевич по ложному донесению был обвинен в попытке отравить царя, вызван в суд, но до суда не доехал т.к.по дороге его схватили опричники и заставили принять яд. Старицкий удел был ликвидирован. Той же осенью 1569 г. в опричном сыскном ведомстве было составлено новое дело о том, что все новгородцы – изменщики, вступившие в сговор с Поляками и Владимиром Старицким. В начале января опричники с царем вступили в Новгород и там начались массовые казни. Были разорены все склады с продовольствием в Новгороде и в округе. После этого погрома, Новгород перестал быть соперником Москвы.
К концу января 1570 г. все цели были достигнуты. В этом же году было уничтожено всё руководство опричнины. Летом 1570 г. были проведены и открытые казни. Были казнены и новгородские дьяки земских приказов. Ослаблением России воспользовался Крымский хан – Девлет Герей. В мае 1571 г. крымские войска дошли до Москвы и сожгли город. Ответом Ивана IV стала новая волна против опричнины. Положение России ещё более осложнилось. Хан требовал уступить Астрахань и Казань. Чтобы усилить свои позиции, Крымский хан 1572 г. повторил поход на Москву. Ему противостояло опричное войско во главе с земским воеводой. 20 июля 1572 г. они одержали победу в битве при Молодях. С этой победой принято связывать окончание опричнины.
Итоги опричнины:
Борьба с пережитками удельной старины была великим бременем, но вести её можно было по-разному:
- путь избранной рады. Но это требовало много времени.
- Иван IV хотел сделать всё быстро, а при слабом госаппарате это было невозможно.
Борьба с пережитками феодальной раздробленности в XVI в. велась везде не гуманно.
Что касается разорения страны, то не ясно, что более этому способствовало: 8-ми летняя опричнина или 25-ти летняя Ливонская война. Но всё же, опричнина сыграла важную роль в укреплении Российского самодержавия.