Македония оставалась в составе Османской империи в течение 500 лет.
Рост антитурецкого движения в Македонии в XVIII века побудил власти ограничить оппозиционную активность высшего православного духовенства. Подчинение его греческому патриарху в Стамбуле и уничтожение автономной Охридской архиепископии (1767 году) усилили эллинизацию населения. С ликвидацией Охридской архиепископии македонцы лишились института, который в XVI–XVII веках способствовал их сплочению.
В XIX веке в Македонии не прекращалась борьба с османским господством. В 1820-х годах зародилось культурно-просветительское движение, направленное не только против османского владычества, но и против греческого экономического и культурного засилья. Его развитие в русле болгарского национального возрождения определили давние политические и культурные связи, этническая и языковая близость, единая церковная организация (Македония вместе с Болгарией была подчинена греческой Константинопольской патриархии). Оживлённые культурные связи существовали и с Сербией.
В 1870 году османское правительство под давлением России учредило Болгарский экзархат, к которому присоединились македонские епархии, порвав с Константинопольской патриархией.
Русско-турецкая война 1877–1878 годов завершилась подписанием Сан-Стефанского мирного договора, в соответствии с одним из положений которого Болгария признавалась автономным княжеством, и в её состав включалась почти вся территория Македонии (без Салоник). Под давлением Великобритании и Австро-Венгрии Сан-Стефанский договор был пересмотрен на Берлинском конгрессе в 1878 году, и территория Македонии осталась в составе Турции. Дальнейшее развитие болгарских и македонских земель происходило таким образом обособленно, что создало предпосылки для постепенного формирования славянским населением Македонии самостоятельной нации.
Дополнение: Однако рост населения и промышленности вЗападной Европе в 18 в. увеличил спрос на зерновые культуры, хлопок и другое сырье исельскохозяйственные продукты. Таким образом, землевладельцы чифтлик изначально не помогалиразвиваться классу сельских торговцев на Балканах, ибо их продукция шла в Западную, Центральную иСеверную Европу. Одним из основных районов Балкан, в котором возник класс торговцев, стала Македония.Этими торговцами в основном были греки и влахи, но также и славяне.
Состоятельные купцы из Македонии часто становились могущественными губернаторами (например, АлиПаша из Янины) или влиятельными местными аристократами (Исмаил Бей из Сере). Однако некоторые купцыпроявляли большие симпатии к идеям французской революции и к движению за независимость, которымруководил Карагеоргий Птрович из Сербии; фактически многие македонские влахи являлись активнымисторонниками сербского движения за независимость. В 1807 и 1808 в Македонии и соседних районахпроизошло несколько восстаний, руководимых лидерами партизан, которые хотели объединиться с войскамиКарагеоргия. Подобную же симпатию они проявляли к борьбе за независимость Греции в 1821.
Национальное Возрождение
С конца XVIII века среди славянского населения Османской империи начали активно развиваться процессы Национального Возрождения и формирования современных наций. В Македонии, где в Средние века не существовало отдельной македонской народности и подавляющее большинство славянского населения не имело выраженной этнической принадлежности, эти процессы протекали, главным образом, в русле Болгарского национального возрождения. В то же время, значительная часть македонских славян к этому времени эллинизировалась, приняла греческую национальную культуру и поддерживала «Великую идею» реставрации Византийской империи. В конце XIX века активизировалась политика Сербии в Македонии, что также привело к принятию частью местного населения сербской национальной ориентации. Среди албанцев Македонии в конце XIX века протекал ускоренный процесс албанского национального возрождения и становления единой албанской нации. В результате Македония стала территорией пересечения национальных агитаций различных народов Балканского полуострова.
Наибольшее значение имело болгарское национальное возрождения, одним из центров которого стали македонские земли. Уже в 1837 году в Велесевозникла первая болгарская светская школа. Затем болгарские школы были открыты в Скопье, Штипе, Охриде, Битоле, Салониках и других городах Македонии. В начале 1860-х гг. македонские славяне были вовлечены в движение за формирование автокефальной Болгарской православной церкви. В отличие от собственно болгарских земель, однако, в Македонии эллинизированная церковь Константинопольского патриархата сохраняла значительное влияние среди местного населения. Поэтому, когда в 1870 году султанским указом был учреждён Болгарский экзархат, под его начало перешли только велесская, скопская и охридская епархии. Создание автокефальной болгарской церкви дало новый толчок к расширению сети болгарских школ и просветительских организаций в Македонии. Тем не менее, до начала XX века процесс формирования болгарской нации не был завершён, а значительная часть сельского славянского населения Македонии оставалось этнически невыраженной.
Хотя, по общему мнению историков, в XIX веке македонского народа в современном значении ещё не существовало, определённую проблему представляет вопрос о существовании в этот период предпосылок к его возникновению. Если болгарская и греческая исторические школы отрицают наличие сколь-либо самостоятельного македонского этнического самосознания, исследователи из Республики Македония, опираясь на статью «Македонский вопрос» Петко Славейкова 1871 года, заявляют о начале складывании определённой этнической отличности македонских славян от болгар на основе принадлежности к разным православным церквям. Кроме того, разговорный язык славянского населения Македонии несколько отличался от уже кодифицированного на основе восточных диалектов болгарского языка.