Курс на стабильное развитие, провозглашенный Зогу в 1925, был прерван в апреле 1939, после оккупации Албании Италией. Зогу отклонил требования о превращении Албании в итальянскую колонию и бежал в Грецию, а затем в Лондон. Албанская конституция была отменена, была организована местная фашистская партия, а албанская армия в 1940 была включена в состав итальянской. Сохранялось Народное собрание Албании, было сформировано и местное правительство. Оба этих органа подчинялись итальянскому вице-королю и его чиновникам.
Италия заручилась поддержкой части населения Албании, отстаивая ее притязания на некоторые районы Югославии и Греции. В октябре 1940 контингент албанских вспомогательных войск в составе 12 тыс. человек принял участие в кампании Италии против Греции. После захвата Югославии и Греции державами «Оси» в 1941 Албании были возвращены область Косово и некоторые районы западной Македонии, принадлежавшие Югославии, а также округ Чамерия в северо-западной Греции. Таким образом, заветные мечты албанских националистов претворились в жизнь. Между тем при поддержке Англии и СССР развернулось движение Сопротивления против марионеточных режимов на оккупированных территориях. Отдельные группы албанских коммунистов, подстрекаемые югославскими коммунистическими эмиссарами, 8 ноября 1941 основали свою партию, секретарем которой стал Энвер Ходжа (1908–1985), бывший учитель, получивший образование на Западе. Коммунисты организовали партизанские отряды, в первую очередь среди тоскских крестьян и интеллигенции. Летом 1942 они выступили против итальянцев. В сентябре 1944 националистические антиитальянские группы объединились с коммунистами и создали Национально-освободительный фронт, в котором доминирующие позиции заняли коммунисты. Соперничающая организация «Балы комбтар»(«Национальный фронт») была образована в ноябре 1944. Она разработала ультранационалистическую прозападную программу, направленную против Зогу и включавшую требование вернуть Албании область Косово.
Британские офицеры связи, появившиеся в начале 1943, пытались наладить сотрудничество Национально-освободительного фронта, насчитывавшего 8–10 тыс. бойцов, с «Балы комбтар», предоставляя им оружие и оказывая финансовую поддержку. По мере распада итальянской армии немцы форсировали оккупацию городов и прибрежной равнины. Им удалось внести раскол в движение Сопротивления, взяв курс на передачу области Косово Албании, что привлекло на их сторону многих членов группы «Балы комбтар». Немцы практически не вмешивались в события, происходившие в горах. Заклеймив своих главных соперников как предателей, коммунисты совершили поход из тоскских земель на север. В мае 1944 они сформировали Антифашистский национально-освободительный совет, наделенный правами временного правительства во главе с Энвером Ходжей, реорганизовали армию (насчитывавшую 20 тыс. человек) и обратили оружие против своих соперников. Антикоммунистические фракции, которым недоставало сплоченности, целеустремленности, дисциплины и оружия, обратились за помощью к прогерманскому правительству в Тиране и тем самым окончательно себя дискредитировали. В октябре 1944 началось отступление немцев из Албании. 28 ноября 1944 коммунисты вошли в Тирану.
