15 марта 1939 года нацистская Германия оккупировала территорию Чехии и Моравии. Словакия провозгласила независимость и, по существу, стала сателлитом Германии. Оставшаяся часть Подкарпатской Руси отошла к Венгрии. Новый президент Эмиль Гаха, сменивший ушедшего 15 октября 1938 года в отставку Бенеша, согласился признать Чехию и Моравию протекторатом Германии. Постепенно в стране и за её пределами стало формироваться движение Сопротивления. 28 октября в чешских городах прошли массовые демонстрации против оккупантов. 17 ноября 1939 года оккупанты расстреляли студенческую демонстрацию в Праге, чешские высшие учебные заведения были закрыты.
В ноябре 1939 года в Париже был создан Чехословацкий национальный комитет, который возглавил Бенеш. После оккупации Франции в 1940 года Чехословацкий национальный комитет переместился в Великобританию. В Лондоне было создано временное правительство во главе с президентом Бенешем и Государственный совет. В июле 1941 года чехословацкое правительство в изгнании признали Великобритания и СССР (США признали правительство Бенеша в ноябре 1942 году). В июле 1942 года в качестве карательной акции после совершенного группой парашютистов покушения на главу протектората Р. Гейдриха нацисты уничтожили деревни Лидице и Лежаки.
Красная Армия вступила на территорию Чехословакии в октябре 1944 года, но потребовалось ещё более полугода, чтобы полностью освободить территорию страны. Майское восстание чешского народа стало апогеем движения Сопротивления. Решающую роль в освобождении чешских земель сыграл Советский Союз, западную часть страны освободили американские войска.
