Політика асиміляції, яку провадив російський уряд, базувалася на централізації науки, освіти й культури. У 1812р. було створено Міністерство народної освіти, запроваджено державне керівництво школою, внесені певні зміни до системи діючих шкіл. У кожному губернському місті створювалися гімназії, в повітовому — повітове училище. Характерно, що нові університети засновувалися в колонізованих землях: у 1802 р. було відкрито Дерптський університет, у 1804 — Казанський, у 1805 — Харківський, у 1834 — Київський; реорганізовано в університет Головну Віденську школу.
У задумі організації цих університетів малися на увазі поширення "общерусской" культури. Так, російський цар Микола І, висловлюючися з приводу відкриття Київського університету, говорив: "Університет — це мій твір, але я перший покладу на нього руку, якщо здається, що він не відповідає своєму призначенню. А призначення університету — поширювати російську культуру
Фактично ці навчальні заклади відіграли протилежну роль: дали змогу не тільки російській, але й місцевій молоді ознайомитися як із офіційно викладеною, так зі своєю історією.
У Східній Україні вся система освіти була російськомовною. Це стосується університетів (Київ, Харків, Одеса), учительського інституту в Ніжині, 129 гімназій, мережі реальних і комерційних училищ, інститутів благородних дівчат, 1618 міністерських, земських і парафіяльних шкіл. Зрештою, і в Галичині українські школи складали мізерний відсоток (одна школа на 820 тис. населення, тоді як одна польська на ЗО тис. населення). Зусилля відомих педагогів (К. Ушинського, М. Пирогова), зорієнтовані на виховання гармонійної людської особистості, здійснювались у несприятливих як мовних, так і етико-громадських умовах.
У середині XIX ст. стан українського шкільництва можна було оцінити як катастрофічний. Колишні середні школи з українською мовою навчання перетворилися на духовні семінарії, а нові, як уже говорилося, були російськомовними. "Ці всі школи, — писав Мирослав Семчишин, — були чужими для українського народу не тільки мовою, але й програмою, бо в усіх читанках і підручниках говорилося тільки про руський народ, його звичаї, життя, історію. Про свою батьківщину українська дитина нічого не довідалась". На Правобережжі гнітило польське шкільництво. Діти українців не мали майбутнього, вони виходили зі школи, не маючи підготовки зі своєї мови, культури, історії. Імперії потрібні були сліпі раби, глухонімі послушники без роду, без племені.
За часів боротьби за визволення селянства з кріпацької неволі головним завданням української громадської культурної праці було поширення народної освіти, заснування недільних шкіл для дорослих. Недільні школи у колишній імперії з'явилися найраніше у Києві під захистом обраного куратора округу М. І. Пирогова і за діяльної участі професора П. В. Павлова. У жовтні 1859 р. перша недільна школа була відкрита в Києві при Подільському повітовому училищі. У 1860 р. про відкриття недільної школи клопочуться цукрозаводчики К. М. Яхненко і П. Ф. Симиренко.
В організації шкіл беруть участь Т. Шевченко, М. Драгоманов, Ф. Вороний, брати Стефановичі, О. Стоянов, П. Чубинський, П. Житецький. Засновані школи в Чернігові, Каневі, Переяславі, Полтаві.
Дещо по-іншому складалась освітницька діяльність у Галичині, де 70-ті роки проходять під знаком розвитку шкільництва і виходу у світ цілої серії підручників — перекладних та оригінальних, написаних авторами для нижчої і середньої школи — з української мови, літератури, географії, математики, латини, природознавства, фізики, мінералогії, граматики грецької мови, філософії, історії церкви та ін. Авторами їх виступають О. Огоновський, О. Барвінський, В. Ільницький, А. Вахнянин, М. Полянський та ін.
Тут сформулювалася своєрідна романтично-філософська школа, досліджувалася філософія Ф. Гегеля, І. Канта, І. Фіхте, Ф. Шеллінга. Плідну науково-педагогічну діяльність здійснювали В. Каразін (з ініціативи якого засновано університет), І. Срезневський, А. Метлинський, М. Костомаров та інші вчені. У Чернігові й Києві широку культурно-просвітницьку діяльність провадив Б. Грінченко — український письменник, педагог, етнограф, автор першої книги для читання в школі українською мовою "Рідне слово", "Української граматики" та інших підручників. Велику цінність становить підготовлений і виданий Б. Грінченком "Словарь української мови" (1907—1909 рр.).
Незважаючи на тотальну русифікацію, університети висунули цілу когорту вчених зі світовим ім'ям у галузі природничих та технічних наук, таких, як П. Тутківський, Д. Заболотний, М. Гамалія, І. Пулюй, І. Горбачевський, С. Тимошенко — аж до геніального В. Вернадського. Щодо гуманітарних наук, то рівень і світовий престиж визначили, насамперед, українці: М. Костомаров, М. Драгоманов, В. Антонович, О. Потебня, М. Дашкевич, Ф. Вовк. У галузі філософії з'являються праці П. Юркевича, С. Гогоцького, галицького філософа К. Ганкевича.
Чи не головною науковою подією того часу була участь членів "Київської громади" у діяльності Південно-російського відділення "Русского географического общества" (1873—1876 рр.). Підсумком експедиції стало семитомне наукове дослідження, яке б могло скласти честь найславетнішій європейській академії того часу. Тут були зібрані і досліджені документи з усіх сфер буття українського народу — про природу, географію, історію краю. У виданні взяли активну участь М. Драгоманов, Ф. Вовк, М. Лисенко, О. Русов, П. Житецький, В.Антонович.
