Федеральные агентства являются федеральными органами исполнительной власти, осуществляющими в установленной сфере деятельности функции по оказанию государственных услуг, по управлению государственным имуществом и правоприменительные функции, за исключением функций по контролю и надзору. При этом под функциями по оказанию государственных услуг понимается осуществление федеральными органами исполнительной власти услуг, имеющих исключительную общественную значимость и оказываемых на установленных федеральным законодательством условиях неопределенному кругу лиц; под функциями по управлению государственным имуществом понимается осуществление полномочий собственника в отношении федерального имущества, в том числе переданного федеральным государственным унитарным предприятиям, федеральным казенным предприятиям и государственным учреждениям, подведомственным федеральному агентству, а также управление находящимися в федеральной собственности акциями открытых акционерных обществ; под правоприменительными функциями понимается издание индивидуальных правовых актов, a также ведение реестров, регистров, кадастров.
Федеральные агентства в пределах своей компетенции издают индивидуальные правовые акты на основании и во исполнение Конституции РФ, федеральных законов, актов и поручений Президента РФ, Председателя Правительства РФ и федерального министерства, осуществляющего координацию и контроль деятельности федерального агентства.
Федеральное агентство возглавляет руководитель (директор). Он может иметь статус коллегиального органа. Федеральное агентство не вправе осуществлять нормативно-правовое регулирование в установленной сфере деятельности и функции по контролю и надзору, кроме случаев, устанавливаемых указами Президента РФ.