В 1698 г. Виниус, думный дьяк, писал из Тобольска Петру I за границу, что в Пекине построена русская церковь и что многие китайцы крестились. 18 июня 1700 года Петр издал замечательный указ, обеспечивший будущность Православной Миссии в Пекине. В Указе император предписывал начинать поиски людей, подходящих для миссионерской деятельности в Китае.
Когда в следующем году после смерти о. Максима Леонтьева (русского священника пришедшего в Китай вместе с пленными казаками-албазинцами после разгрома Албазинской крепости) албазинцы вновь затронули вопрос о присылке к ним пастыря, в Китай было направлено прошение о возможности проповеди там русской миссии. В то время император Канси отправлял к калмыкам в прикаспийские степи посольство с позволения российских властей, почему отнесся к прошению благосклонно и только указал, чтобы с Миссией был отправлен в Китай лекарь, искусный в лечении наружных болезней. Резолюция Канси была немедленно доложена императору Петру, который повелел митрополиту Иоанну Тобольскому подобрать для сей Миссии достойных людей. По распоряжению митрополита был утвержден архимандрит Иларион (Лежайский) малоросс, родом из Чернигова, воспитанник Киевской Духовной Академии.
В 1713 году Святейший Синод Русской Православной Церкви учредил Российскую Духовную Миссию в Китае.
В 1713 г. Митрополит Иоанн избрал архимандрита Илариона (Лежайского) в начальники первой Пекинской Духовной Миссии), с ним отправились священник Лаврентий (вероятно, он был в Пекине в сане диакона в 1696 г. При освящении Никольской часовни в Храм Св. Софии) и диакон Филимон (его биография неизвестна). К ним присоединено было семь церковников, вероятно, из учеников тобольской славяно-русской школы, открытой митрополитом Филофеем в 1704 г.
Первая Православная Миссия из России была принята в Пекине с особенным почетом и вниманием. Богдыхан зачислил членов ее в высшие сословия государства, а именно: архимандрита пожаловал мандарином 5-й степени, священника с диаконом - мандаринами 7-степени, а учеников причислил к сословию солдат. Всем членам миссии были отведены казенные квартиры возле албазинской церкви и, вероятно, участки земли, а также временное денежное пособие. Сверх этого от трибунала определено было производить им ежемесячное жалованье. К довершению благоволения богдыхан дал некоторым из церковников жен, без сомнения крещеных ими, а изучивших китайский с маньчжурским языки пристроил к трибуналу внешних сношений для перевода грамот, получавшихся от Российского сената и посылавшихся в сенат китайской коллегией иностранных дел. О деятельности первой Миссии сохранилось мало сведений. Известно, что благодаря хорошему составу она привлекла к русской церкви ряд местных жителей, ходивших на стройное богослужение, заведенное арх. Иларионом. Богдыхан каждый месяц посылал чиновника справляться о здоровье начальника Миссии (тогда как после он делал это лишь дважды в год, что по туземным понятиям было великой честью).
С 1716 по 1933 г. Было отправлено в Китай 20 миссий и свыше 200 проповедников. Трудами многих поколений строилась Миссия, молитвами святых подвижников освящено ее прошлое. Так святитель Иоанн, митрополит Тобольский, святитель Иннокентий, епископ Иркутский, принимали непосредственное участие в её возникновении и развитии.
Пекинская Миссия была не единственной, но самой ранней по времени основания из зарубежных миссий Русской Православной Церкви. Вместе с тем, Российская Духовная Миссия в Пекине была уникальным российским учреждением за рубежом, не только представлявшим в цинском Китае Русскую Православную Церковь, но и на протяжении 150 лет, с 1715 по 1864 год, выступавшим в качестве неофициального дипломатического представительства России в Китае.
Основной задачей миссионеров в Китае было изучение китайского и маньчжурского языков. Китайский язык изучался с целью, во-первых, ведения проповедей, во-вторых, изучения и исследования культуры Китая. За время существования Миссии было возведено тридцать семь храмов (в том числе, храмы в Пекине, Харбине, Тяньцзине, Шанхае, отличавшиеся самобытностью), создано более сорока проповеднических точек, пять епархий (Пекинская, Тяньцзиньская, Синьцзянская, Шанхайская, Харбинская), учреждена православная семинария, двадцать мужских и женских религиозных школ, распространялось религиозное учение, была открыта библиотека, основано издательство и выпускался на русском, английском и китайском языках журнал «Китайский благовестник» («Чжунгофуыньбао»), проводилась благотворительная деятельность. Одновременно с ведением проповедей миссионеры изучали китайскую астрономию, историю, географию, национальности, религию, народные обычаи и многое другое.
