Соотношение количества различных микроорганизмов достаточно постоянно. Но вследствии ослабления иммунитета, нерациональной терапии антибиотиками, лучевой и химиотерапии, врождённых дефектов ферментов баланс нарушается. Могут исчезнуть некоторые представители нормальной микрофлоры (бифидобактерии, молочнокислые и кишечные палочки) и появиться грибки рода кандида, стафилококки, протей, синегнойная палочка. Возникает клинический синдром, для которого характерны понос, снижение веса и анемия.
Выделяемые микроорганизмы и возбудители: полезные бактерии кишечника — лактобактерии, бифидобактерии, кишечная палочка с типичными свойствами (оцениваются её атипические свойства, такие как ферментативные и гемолитические); условно-патогенные бактерии, энтеробактерии, неферментирующие бактерии, стафилококки, энтерококки, анаэробные бактерии (клостридии, без идентификации до вида), грибы; патогенные сальмонеллы, шигеллы, энтеропатогенные кишечные палочки.
Копрологическое исследование - выявляет бродильную и гнилостную диспепсию;
Биохимические исследования кишечного содержимого -позволяет с помощью газовой хроматографии выявить дисбактериоз по изменениям количества ароматических веществ в фекалиях - индола, фенола, крезола, скатола.
Бактериологическое исследование соскоба слизистой оболочки двенадцатиперстной кишки при эндоскопическом исследовании, прямой кишки при ректороманоскопии, колоноскопии, кишечного содержимого и желчи - позволяет оценить пристеночную микрофлору кишечника.
Кал на флору свидетельствует о качественном изменении аэробной флоры кишечника;
Анализ фекалий на дисбактериоз, дает информацию о качественном и количественном составе микрофлоры толстой кишки.