Современная минералогия включает ряд основных направлений. Описательная минералогия охватывает весь круг вопросов, относящихся к характеристике отдельных минералов: их конституции, физических свойств, морфологии выделений. Описательная минералогия занимается также вопросами систематики и классификации минералов, устанавливает вариации их химического состава, изучает зависимости между физическими свойствами минералов и особенностями их состава или кристаллической структуры.
Генетическая минералогия выясняет условия, процессы и способы образования и изменения минералов в природе.
Экспериментальная минералогия примыкает к генетической минералогии и дополняет её лабораторным моделированием природных процессов минералообразования и изучением физико-химических систем, воспроизводящих природные минеральные парагенезисы и обстановку их формирования. Самостоятельный раздел экспериментальной минералогии, близкий к ней в методическом отношении, - синтез и облагораживание минералов, имеющих многообразное применение в ювелирном деле и технике.
Региональная минералогия и топоминералогия осуществляют минералогическое изучение отдельных участков и территорий - от конкретных рудных месторождений до крупных геологических (рудных, металлогенических) провинций или экономико-географических регионов. Основная задача региональной минералогии - выявление закономерностей пространственного распределения и локализации минералов и минеральных ассоциаций в связи с геологической историей развития провинции (региона) или формирования месторождения. Региональная минералогия непосредственно связывает минералогию с металлогенией и минерагенией.
Минералогия космических тел (Луны и планет, а также метеоритов) - новая область минералогии, существенно расширяющая сферу её интересов и связывающая минералогию с быстро развивающейся сравнительной планетологией.
Астроминералогия - одно из перспективных направлений современной минералогии, возникшее на стыке минералогии, физики и астрономии. Астроминералогия занимается изучением минералов и минерального состава астероидов, метеоров и других небесных тел, а также астрономической спектроскопией астероидов, комет, метеоров и пыли околозвёздной среды в целом. С другой стороны, в кристаллах минералов и толщах пород фиксируются и на протяжении миллиардов лет геологической истории сохраняются признаки, характеризующие не только эволюцию планеты Земля, но и её взаимодействие с космосом, с другими небесными объектами и космическими явлениями.
Прикладная минералогия в её современном понимании включает три главных раздела. Поисковая минералогия опирается на учение о типоморфизме минералов и минералах-индикаторах оруденения. Она ставит перед собой задачу повышения эффективности геологоразведочных работ путём выявления новых минералогических поисковых и прогнозно-оценочных критериев, совершенствования минералогических методов поисков и оценки перспектив оруденения, разработки научных основ комплексирования минералогических методов поисков с геохимическими и геофизическими методами. Технологическая минералогия направлена на интенсификацию использования минер, сырья, т.е. на повышение полноты и комплексности его использования. Она охватывает: минералогическое и минералого-технологическое картирование рудных полей и месторождений полезных ископаемых с целью оценки запасов полезных компонентов в извлекаемой минеральной форме, технологические прогнозирования, планирования добычи и стабилизации минерального состава руды, поступающей на обогатительную фабрику; изучение технологических свойств минералов, слагающих руды разработку методов направленного изменения состава, структуры и свойств минералов путём радиационного, термического (обжиг), акустического (ультразвук) и прочих воздействий с целью повышения извлечения полезных компонентов при обогащении и сортности концентратов, а также улучшения их вскрытия при химико-металлургическом переделе; текущий минералогический контроль состава концентратов на действующих горно-металлургических предприятиях и разработку рекомендаций по оптимизации технологических режимов передела концентратов с целью повышения сквозного извлечения конечных продуктов в металлургическом процессе.
Минералогия новых видов сырья занимается выявлением особенностей состава и свойств минералов, пока не нашедших практического применения, которые могут представить интерес для промышленности, а также возможных областей использования этих минералов и их распространённости в природе с целью вовлечения новых минералов в промышленное освоение и расширения сфер применения уже известных видов минерального сырья.
Помимо традиционных методов полевого и лабораторного определения и анализа минералов, а также давно вошедших в минералогическую практику оптического, рентгенографического, и термического методов, минералогия вооружена разнообразными прецизионными физическими методами исследования, такими, как просвечивающая электронная микроскопия, электроно- и нейтронография, электронно-зондовый и локальный спектральный анализ, магнетохимия, магнитостатические и термомагнитные измерения, электрофизические методы.
