Области науки и веры у Аквинского совершенно ясно определены. Задачи науки сводятся к объяснению закономерностей мира. Аквинский признает также возможность достижения объективного, верного знания и отвергает такие представления, согласно которым действительным считается лишь деятельность человеческого разума. Познание должно быть направлено прежде всего на объект, но ни в коем случае не внутрь, на субъективные формы мышления. И хотя познание объективно и истинно, оно не может охватить все. Над царством философского, метафизического познания находится другое царство, которым занимается богословие. Сюда нельзя проникнуть естественной силой мышления. Здесь Аквинский отличается от некоторых авторов ранней схоластики, например Абеляра и Ансельма, которые стремились сделать постижимой разумом всю область христианской догматики. Область наисущественнейших таинств христианской веры остается для Аквинского вне философского разума и познания(например, триединство, воскресение и т. д.). Речь идет об истинах сверхъестественных, таких, как божественное откровение благая весть, которые содержатся только в вере.
Однако между наукой и верой нет противоречия. Христианская истина стоит выше разума, но она не противоречит разуму. Истина может быть лишь одна, ибо происходит от бога. Аргументы, которые выдвигаются против христианской веры с позиций человеческого разума, противоречат высшему, божественному разуму, а средств, которыми обладает человеческий разум для такого противостояния, явно недостаточно. Данный тезис постоянно обосновывал и доказывал Аквинский в полемических трактатах, направленных как против язычников, так и против христианских еретиков.
Философия должна служить вере, теологии тем, что религиозные истины представляет и толкует в категориях разума, и тем, что опровергает как ложные аргументы против веры. Этой ролью она и ограничивается. Философия сама не может доказать сверхъестественную истину, но может ослабить выставленные против нее аргументы. Понимание роли философии как орудия теологии находит у Аквинского самое совершенное выражение.
Наибольшее число элементов учения Аристотеля содержит томистское учение о бытии. Однако от естественнонаучных взглядов Аристотеля Аквинский абстрагировался и реализовал прежде всего то, что служило требованиям христианской теологии.
Мир он представлял как систему, порядок, согласно которому все разделено на несколько иерархически обусловленных ступеней. Самая широкая ступень - неживая природа, над ней возвышается мир растений и животных, из которого вырастает высшая ступень - мир людей, который является переходом к сверхъестественной и духовной сфере. Наисовершеннейшей реальностью, вершиной, первой абсолютной причиной, смыслом и целью всего сущего является бог.
