Водный транспорт перевозит скоропортящиеся грузы в относительно больших объемах. Прямое смешанное железнодорожное водное сообщение может существенно снизить стоимость транспортировки скоропортящихся грузов.
В некоторые периоды (сезоны) водное сообщение бывает особенно интенсивным, что существенно разгружает железнодорожный и автомобильный хладотранспорт. Морской хладотранспорт помимо непосредственно перевозки скоропортящихся грузов может быть предназначен для термической обработки (замораживания и охлаждения) рыбы и других морепродуктов, доставки их в места переработки и потребления, а также хранения груза. При перевозке грузов водным транспортом особое внимание уделяется укладке и закреплению грузов в трюмах с учетом условий перевозки (сильное волнение, качка). Как правило, грузы укладываются очень плотно, проходы в данном случае не предусматриваются.