Гени, що розташовані в одній хромосомі, називають зчепленими. Вони успадковуються спільно і не розщеплюються згідно із законами Менделя. Поява несподіваних фенотипів пояснюється тим, що хромосоми під час мейозу можуть так тісно зближуватися (кон’югувати), що між ними відбувається перехрещення і обмін ділянками — кросинговер. Вірогідність кросинговеру залежить від розташування генів у хромосомі: чим далі вони стоять один від одного, тим частіше відбувається кросинговер. Відстань між зчепленими генами виражають у відсотках або морганідах, її числове значення дорівнює відсотку кросоверних особин серед нащадків. Якщо ця відстань більша за 50 %, то вірогідність кросинговеру така велика, що гени успадковуються практично незалежно. Відсоток кросинговеру дає можливість будувати генетичні карти — схеми можливого взаємного розташування генів у хромосомі. Плейотропія – здатність одного гена контролювати кілька ознак (множинна дія гена). Так, синдром Марфана в типових випадках характеризується тріадою ознак: підвивихом кришталика ока, вадами серця, видовженням кісток пальців рук і ніг (арахнодактилія – павучі пальці). Цей комплекс ознак контролюється одним автосомно-домінантним геном, який спричинює порушення розвитку сполучної тканини.
